《自然出版指数》（Nature Publishing Index，NPI）是以国际知名学术出版机构英国
自然出版集团的《自然》系列期刊在前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。该指数为评估科研质量提供了新渠道。每年4月上旬发布。
《自然出版指数》是以国际知名学术出版机构英国
自然出版集团的《自然》系列期刊在前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。该指数为评估科研质量提供了新渠道。每年4月上旬发布。
2011年5月11日，
自然出版集团（NPG）首次发布了名为《
自然出版指数2010中国》（NaturePublishingIndex2010China）的报告，报告称中国的科研质量有“巨大提升”。这份报告以中国2009—2010年在《自然》及其子刊上发表的包括论文、快报和综述在内的文章数量为参考，对中国的科研机构和城市进行了排名统计，同时，该报告也统计了中国在《科学》、《细胞》、《新英格兰医学杂志》以及《
柳叶刀》上发表的文章数量。
报告显示，中国发表在《自然》系列杂志上的文章数量从2000年的6篇上升到2010年的149篇，而中国在《科学》、《细胞》、《新英格兰医学杂志》以及《柳叶刀》上发表的文章总数也从2000年的3篇增长到2010年的27篇。在这份报告中，占据前10位的科研机构依次是：中国科学院、清华大学、
中国科技大学、
深圳华大基因研究院、北京大学、南京大学、
香港大学、东南大学、厦门大学和浙江大学。此外，该报告还公布2010年亚太地区排名前200的科研机构名单，
中科院与清华大学进入前10名，分列第4与第7。而在“自然出版指数”全球50强榜单中，中科院是唯一上榜的中国科研机构，位列第32名。
2012年05月22日，英国《自然》杂志Nature发布了名为《自然出版指数2011中国》的报告。报告称，中国目前在《自然》系列期刊上发表论文的比率已经超过6%，在全球最有影响力的论文中，超过10%来自中国科学家多个数据表明，中国在发表论文和科学研究两方面有望成为全球的领导者。
2011年，全球在《自然》系列期刊上发表论文的总量为3425篇，其中中国在《自然》系列期刊上发表论文225篇，占6.6%，与2010年的152篇相比，增长显著。而与2000年的12篇相比，更是不可同日而语。报告列出了2011年中国十大科研机构的排名：中国科学院、
中国科学技术大学、北京大学、清华大学、
香港科技大学、厦门大学、
上海交通大学、
香港大学、南京大学和深圳华大基因。
除了中国科学院毫无悬念地遥遥领先外（总共在《自然》系列期刊上发表了62篇论文），中国科学技术大学排在第二，同时高居中国高校之首。2011年中国十大城市依次是北京、上海、合肥、香港、南京、武汉、厦门、杭州、深圳和西安。这十个城市发表论文的总量约占全国86%。
列前十的中国高校分别为：中国科技大学、清华大学、北京大学、上海交通大学、浙江大学、
华中科技大学、复旦大学、
香港大学、香港科技大学、厦门大学。