自动微生物鉴定系统是传统的微生物鉴定主要参考《伯杰式细菌鉴定手册》和《真菌鉴定手册》，鉴定过程繁琐，耗时长，容易出错，对经验要求非常高。

商品化的自动微生物系统有效地解决了这个问题，自动微生物鉴定系统从原理上包括以下几种：

1)基于表型的鉴定方法：如美国Biolog公司的Microstation和Omnilog自动微生物鉴定系统，基于95种碳源或化学敏感物质的利用为原理，可鉴定细菌、酵母和霉菌超过2650种；另外还有基于脂肪酸鉴定的方法，采用气相色谱分析微生物细胞壁的脂肪酸构成；在临床领域，梅里埃、BD、热电和西门子都有相应的自动微生物鉴定系统，其数据库主要以鉴定致病菌为主，通常是200-600种数据库，可做药敏测试；

2)基于基因型的鉴定方法：如基因测序法及基因条带图谱法，以Life和杜邦为典型代表。

3)基于蛋白的鉴定方法：以布鲁克和梅里埃为代表，基于蛋白质飞行质谱平台，分析不同高度保守的微生物核糖体蛋白电解离后的电子飞行时间进行鉴定。

三类方法各有优缺点，理论上不冲突，应该互为补充，应根据需要进行选择。