脑脊液蛋白电泳主要用于多发性硬化症，神经梅毒及亚急性硬化性全脑炎等的诊断。

滤纸法 白蛋白： 0.55-0.69 (55%-69%) 球蛋白α1：0.03-0.08 (3%-8%) α2：0.04-0.09 (4%-9%) β： 0.10-0.18 (10%-18%) γ： 0.04-0.13 (4%-13%)

(1)白蛋白升高：椎管梗阻、脑肿瘤、部分血管性疾病。　(2)α1球蛋白： ①升高：脑部感染、急性细菌性脑膜炎、脊髓灰质炎。 ②降低：脑外伤急性期。　(3)α2球蛋白升高：脑部转移瘤、癌性脑膜炎、胶质瘤、桥脑小脑角肿瘤。　(4)β球蛋白升高：多发性硬化症、亚急性硬化性全脑炎、震颤性麻痹、脑萎缩、阿尔茨海默病、手足徐动症、肌萎缩侧索硬化症、多发性神经根炎、面神经麻痹、糖尿病性周围神经炎、脑瘤(胶质瘤)、癫痫、假性脑瘤等。　(5)γ球蛋白升高：多发性硬化症、亚急性硬化性全脑炎、病毒性脑炎、脑脓肿、多发性神经根炎、酒精中毒性周围神经炎、浆细胞瘤、胶质瘤、桥脑小脑角肿瘤、脑外伤、结节病、血清γ球蛋白增高(肝硬化、结缔组织疾病、多发性骨髓瘤)等。

由于脑脊液蛋白质含量较少，在电泳前必须进行浓缩，一般用透析法，透析液可用高分子质量聚乙二醇、右旋糖酐等。　近年，已采用高效毛细管电泳法其分辨率更高，而且脑脊液不需要经过浓缩。

小儿球形细胞脑白质营养不良，脑膜炎，脊髓灰质炎，耳源性脑脓肿，癫痫，小儿发作性舞蹈手足徐动症

颈椎增生，脑脓肿，恶心与呕吐，食欲异常，脑膜刺激征，昏迷，头痛，发烧