人体微生态系统肠道菌群最显著的特征之一是它的稳定性，它对人类抵抗肠道病原菌引起的感染性疾病是极其重要的。维持其稳定性是临床治疗的重点。

正常生理状态下，正常的肠道菌群对人体的维生素合成、促进生长发育和物质代谢以及免疫防御功能都有重要的作用，是维持人体健康的必要因素，也是反映机体内环境稳定的一面镜子。

肠道菌群具有保护宿主正常的组织学和解剖学结构作用。

宿主所需的维生素、氨基酸、脂质和碳水化合物都可以从正常的肠道微生物群获得。包括 B 族维生素、维生素 K 、泛酸、叶酸等。

主要体现在内源蛋白质等的代谢需要微生物菌群直接参与，肠道细菌产生β一葡萄糖醛酸酶、硫化酶等，间接或直接为宿主利用。

正常肠道菌群，有促进肠道蠕动功能，能促进机体对营养物质的消化吸收。

菌群屏障作用又叫定殖力，是机体免受外来细菌感染的一个可靠保证，分为预防性屏障作用和治疗性屏障作用。前者指屏障菌群首先定殖，使屏障作用的对象无法在肠道定殖，对抵御外来感染起一种预防和保护作用。后者指：虽然屏障作用的目标菌株在肠道中的定殖先于屏障菌群，但后来的屏障细菌可以将其从肠道中驱除，类似于化学药物的治疗作用。

研究发现厌氧棒状杆菌，不但不会致病，还可激活人体内免疫细胞，提高吞噬能力，具有抑癌作用。