联合国艾滋病规划署于1996年初在华设立办事处，位于北京东外大街亮马河南路14号塔园外交办公大楼1-162号。

联合国艾滋病规划署的十个共同发起机构（联合国难民事务高级专员署、联合国儿童基金会、世界粮食计划署、 联合国开发计划署、联合国人口基金、联合国毒品与犯罪事务办公室、国际劳工组织、联合国教科文组织、 世界卫生组织、世界银行）都以各自的方式全面参与在华的有关艾滋病的活动。 特别是世界卫生组织，联合国开发计划署和联合国儿童基金会已经与中国合作了许多项目，如监测、倡导和培训等。

在联合国驻华协调员的支持下，正式成立了联合国艾滋病中国专题组，专题组在华工作顺利。专题组不只局限于联合国在华机构，它鼓励政府、双边援助机构和非政府组织参与专题组的活动。专题组每月召开一次会议。

专题组的工作职责与联合国艾滋病规划署关注的重点是一样的，即加强国家应对艾滋病的能力，确保长期持续地采取行动应对艾滋病的流行。为实现这些目标，专题组的主要活动包括加强十个共同发起机构间的合作，采取一致行动，一起开展监测和评估；向国内有关机构提供技术支持，广泛宣传国际上的先进经验； 促进中国领导对艾滋病工作的协调和监测；倡导政府进一步作出承诺，动员多部门参与，以及共同合作动员更多的资源投入。

专题组的工作具体由联合国艾滋病规划署驻华办事处国家协调员，以及办事处的官员及工作人员负责。联合国艾滋病规划署驻华办事处积极参与扩展艾滋病工作的伙伴网络，因为防治艾滋病需要各部门的参与，以及跨部门合作往往会遇到困难。联合国艾滋病规划署驻华办事处向在华开展艾滋病防治工作的伙伴提供技术、政策及管理方面的建议，主要是推广全世界上以往和现行的应对艾滋病流行的先进经验。

中国是联合国艾滋病规划署最高行政机构“规划协调委员会”最早的成员国之一，也是第一个向该组织捐款的发展中国家。自联合国艾滋病规划署开始在中国工作的两年时间里，由驻华发起组织、一些友好国家、国际非政府组织和我国政府代表参加的联合国艾滋病规划中国专题组例会机制运转良好。通过这一机制，联合国驻华机构和有关方面的艾滋病防治活动得到了较好的协调和促进，多部门和群众组织对艾滋病防治工作的参与也在这一机制的支持下进一步发展。

1997年联合国艾滋病规划中国专题组和卫生部成功地进行了国家艾滋病现状和需求调查，由此而产生的报告和继而在1998年年初召开的国际捐款会为加强国际合作和动员更多的国际资源起到了较好的宣传和促进作用。

在1996-1997财政年度，联合国艾滋病规划署还以设立核心基金和项目发展特别基金的方式直接促进中国的艾滋病防治事业。在1998-1999年中，联合国艾滋病规划署将通过战略规划基金的方式与中国卫生部和有关机构密切合作，协助制订省级艾滋病防治战略规划，以更好地实现中国艾滋病防治中长期规划所制定的目标。

联合国艾滋病规划署驻华办事处在华的主要职责是协调和提供支持，积极开展倡导和资源动员工作，以便资助并支持中国的艾滋病防治活动。

尽管联合国艾滋病规划署驻华办事处向中国的艾滋病防治工作提供支持，促进协调，但并不是替代中国政府的工作。相反，是中国政府负责艾滋病工作的全面协调工作，包括各级有关工作的协调，以及来自联合国及联合国艾滋病规划署等外界援助。

卫生部是指定的多部门协调单位，也是联合国艾滋病规划署驻华办事处的政府归口协调单位。 国家成立了由各部门高层领导组成的多部门协调委员会，委员会在国务院的领导下定期召开会议。委员会成员有卫生部、外交部、商务部、铁道部、公安部、教育部、全国妇联等。委员会是联合国艾滋病中国专题组的国家对口单位。