聂思托里安教，忽必烈对佛教的偏爱丝毫不妨碍他对聂思托里安教表示同情。在基督教的重大庆祝会上，像他的前辈们一样，他让隶属于他的斡耳朵的聂思托里安教牧师把福音书放在他面前，他敬香供奉，并虔诚地吻之。“1289年，他甚至建立专门机构，即崇福司，管领全国的基督教事务”。他的谕旨，像窝阔台和蒙哥的一样，使基督教牧师如同佛教徒、道教道士和伊斯兰教教士们一样，享受免税权和获得其他种种特权。

在此可以回顾一下，蒙古人沿用叙利亚语，称基督教徒为“迭屑”（tarsa）和arkagun或arka’un（复数arkagud或arka’ud，汉译名是也里可温），而教士和僧侣被称为列班-也里可温（rabb-arkagun），主教被称为马儿·哈昔（marha－sia）。 在蒙古人和蒙古化的各族中，聂思托里安教徒占有相当大的比例，特别是在克烈部和汪古都突厥人中。汪古部突厥人占据着长城以北、今山西边境一带原沙陀突厥人之地，他们使用的命名法揭示了他们是聂思托里安教徒，尽管这些名字的汉译名已掩盖了该名的实质。聂思托里安教徒常用的名字有：西蒙，阔里吉思（即乔治），保鲁斯（保罗），约南（约翰），雅各（詹姆斯），腆合，伊索（耶稣），鲁合（路加）。

汪古部人中的大多数居住在今天称为绥远省的地区，即今托克托或归化城境内，该地区在蒙古统治时期称为东胜。伯希和认为该名来自“科尚城”一名，在马·雅巴拉哈三世和列班·扫马传记中，就是以科尚城来称呼这一地区。马可·波罗给同一地区的称呼是Tanduc，根据伯希和的看法，Tanduc起源于唐代通用的古名天德（古音为Thian－tak）。这是汪古部王朝的实际所在地，王室家族是一些极倾向聂思托里安教、同时又与成吉思汗家族有密切联系的突厥王公们。成吉思汗家族显然从未忘记过对这些聂思托里安教王公们的欠债之情。汪古部首领阿刺忽失的斤曾经在关键时刻，即在被邀加入由乃蛮人形成的反蒙联盟时，他反其道而行，坚定地站在成吉思汗一边。他以生命表达了他的忠诚；因为当他在与乃蛮人打完仗之后返回家园时，他的部落中一些赞成与乃蛮人联合的部民暗杀了他和他的长子布颜昔班。他的妻子携带次子波姚河逃到郓城。当成吉思汗以金朝征服者的身份进入郓城时，他的至诚愿望是恢复这个忠臣家族对汪古部地区的统治地位。年轻的波姚河随他出征花刺子模，战后回归，成吉思汗把女儿阿刺该别吉嫁给了他。波姚河死后，阿刺该别吉作为成吉思汗亲生女，对汪古部进行了强有力的统治。她没有亲生儿女，便把她丈夫与另一个妾生的三个儿子——孔不花、爱不花和绰里吉不花视为亲生儿子。孔不花和爱不花先后娶成吉思汗家族的公主们为妻：孔不花娶贵由大汗之女叶儿迷失；爱不花娶忽必烈之女玉刺克。爱不花之子阔里吉思（即乔治）先与忽必烈之子真金的女儿忽塔德迷失公主结婚，后又与铁穆耳大汗的女儿阿牙迷失公主结婚。前面已经提到过，他在铁穆耳手下供职时于1298年被杀的情况。

这个聂思托里安教王室家族如何紧密地与蒙古王朝联姻便一目了然。在蒙古人宗教宽容的限度内，该家族成功地利用它受到优待的地位去保护基督教。马·雅巴拉哈三世和列班·扫马的传记表明，在他们动身前往耶路撒冷时，孔不花和爱不花向他们表示祝愿和送给他们礼物。“乔治”王子确实是在暮年时，由方济各会传教士约翰·孟德科维诺施洗礼 ，皈依了天主教。

马·雅巴拉哈三世和列班·扫马传记清楚地表明，元朝中国北方边境的聂思托里安教并不限于汪古部境，因为在他们前往西方时，他们在唐兀惕境内（即甘肃）受到基督教徒最激动人心的欢迎，特别是在“唐兀惕城”（即宁夏）。聂思托里安教会确实遍布其境，宁夏，西宁、甘州、肃州和敦煌都有。马可·波罗提到，仅宁夏就有三座聂思托里安教教堂。

无疑地，这些聂思托里安教徒自唐朝以来就默默地居住在原中国边境以外的这些地区，但是，他们并非一直局限在这些地区内。由于成吉思汗后裔的征服，中国内地也向他们敞开了。人们甚至可以说，在唐朝灭亡后已经被逐出境的聂思托里安教，随着蒙古人又进入了中国。1275年报达〔巴格达〕的聂思托里安教主教在北京创建主教区。尾随蒙古人，聂思托里安教甚至渗入长江下游地区。1278年，忽必烈委托一个名叫马薛里吉思（汉译名，原名Mar Sargis）的人管理在今江苏省内的镇江。按其名推断，马薛里吉思是一个聂思托里安教徒，不久，他很快在镇江建起一座教堂（1281年）。在扬州和汉口又建了几个聂思托里安教教堂。

在叙利亚文的马·雅巴拉哈三世和列班·扫马传记中，有一段著名的记载可以证实蒙古的聂思托里安教信仰。列班·扫马（死于1294年）和他的朋友、未来的主教马·雅巴拉哈·麻古思（1245－1317年），两人都是聂思托里安教徒，至少后者是汪古部人。麻古思的父亲是汪古部科尚城的副主教，正如我们已经看到的，伯希和把科尚城看成是中世纪的东胜，今绥远和山西边境上的托克托。列班·扫马是汗八里（或北京）聂思托里安教教堂中一位巡察使的儿子。他是第一个信奉修道生活的人，曾在北京大主教马·基瓦古斯的主持下接受了削发仪式，后来他隐退到离城只有一天路程的山中修道院，在此结识了麻古思。在麻古思建议下，两人决定去耶路撒冷朝圣。在托克托附近，他们拜访了汪古部王孔不花和爱不花（他们也是聂思托里安教徒），并告知他们朝圣的计划，汪古部的这两个王子最热烈地接待了他们，并尽力劝阻他们说：“我们正在费力地从西方招来主教和教士，你们为何要去那些地方呢？”但是，见两人主意已定，汪古部王子们为他们提供了马匹、钱财和过中亚的旅途所需的一切物品。

朝圣者们先经唐兀惕境，即今甘肃北部、宁夏附近，这儿的聂思托里安教教会星罗棋布。“男人，妇女和儿童都上街欢迎他们。因为唐儿惕地区居民的信仰非常强烈”。他们沿罗布泊和塔里木南缘小道而行，抵达了于阗和察合台汗的领地。当时察合台汗是都哇，因为据伯希和的估计此事是发生在1275－1276年间。当时，成吉思汗宗王之间的战争正在中亚进行，阻止了列班·扫马和麻古思直接从喀什噶尔到波斯的旅行。他们发现于阗正遭受饥荒，喀什因战争而人烟稀少，从喀什往西的路已不通畅。因此，他们转向北去怛逻斯（奥李阿塔，或今天的江布尔），窝阔台系海都汗在此扎营。他亲切地接见了两位聂思托里安教徒，并发给他们安全特许证，持此证，使他们得以通过作战军队的前哨，最后抵达波斯的蒙古汗国，当时波斯的统治者是阿八哈汗（1265－1282年在位）。

从叙利亚来的一位可能是说阿拉伯语的基督教徒，汉译名叫爱薛（即伊萨或耶稣，1227－1308年），在忽必烈统治时期，他身居重要位置。他懂多种语言，精通医药和天文，曾在贵由汗庭中供职。1263年，忽必烈任命他掌管星历司，他似乎是1279年法令的鼓动者之一，通过该法令，忽必烈企图制止伊斯兰教在中国的宣传。1284－1285年，蒙古高级官员孛罗丞相作为使臣前往波斯汗阿鲁浑处时，爱薛陪同前往。爱薛在返回中国后，于1291年被任命为掌管基督教的总监，1297年任政府大臣。其子也里牙、腆合、黑厮、阔里吉思和鲁合都像他一样是聂思托里安教徒，在北京宫廷中也起着重要作用。最后，忽必烈及其继承者们在北京的他们的亲卫军中有3万名信仰希腊正教的基督教阿速人，他们是在蒙哥时期从高加索来的。我们已经看到，1275年6月，阿速军在围攻长江下游北岸的镇巢时，遭到宋军狡诈的屠杀。后来，忽必烈把从镇巢得到的税收分给了遇害的阿速军的家属们。1336年7月11日，这些阿速军的后裔送一封表示归顺的信给教皇本尼狄克十二世。1338年带信给在阿维农的教皇的使团中，除了纳昔奥的安德鲁和威廉外，还有阿速人托盖。

此外，伯希和还提到了古代摩尼教在福建又活跃起来这一事实，在宋朝统治时期福建已有摩尼教复兴的兆头。