该协定的主要内容有：(1)逐步取消关税和非关税限制。根据美加自由协定，有些商品进口关税从协定生效之日(1989年1月1日)起立即取消；有些商品的进口关税，在5年之内予以取消(每年减少20%)；有些商品的进口关税，在10年内取消(每年减少10%)。到1998年，美加之间将全部取消进口关税。根据该协定，对非关税障碍，也要逐步予以消除：1994年取消双方海关使用费，1998年取消两国间的大部分商品数量限额。(2)从1989年到1998年的10年内，取消两国之间的农产品关税和非关税限制。按照双边自由贸易协定，自两国签约之日起，不准再对农产品出口提供各种形式的补贴，同时规定，无论是美国，还是加拿大，在向第三国出口农产品实行财政补贴时，两国都要考虑对方的出口利益。协议还规定，两国对各自的大部分农产品关税和非关税将在今后10年内逐步取消。(3)取消对服务业的关税限制。依据
双边贸易协定，美加将不仅取消贸易壁垒，对诸如医生和律师等行业相互交流的限制，如果两国的某些专业组织提出建议，两国政府也准许相互承认这些专业组织签发的执照。(4)逐步取消对两国的汽车进出口管制。根据达成的协议，
美国通用汽车公司、
福特汽车公司和
克莱斯勒汽车公司三大汽车厂商仍需遵守1965年通过的生产协议，两国市场上的其他汽车制造商将不受此项协议约束。但是，为了享受自由贸易区优惠，除上述三大汽车公司以外的其他汽车厂商使用的零部件有50%必须是在北美洲制造的。此外，按照协定，有关汽车零部件和轮胎的所有其他关税，将在1989年以后的10年内全部取消。(5)开展自由的、公平的能源贸易。根据双边协议，加拿大公司将在没有价格歧视的正常合同基础上，给所有外国客户提供能源，对美国也照章办事。美国后来禁止石油出口，美国政府也准许加拿大购买一定数量的阿拉斯加原油。按照自由贸易协定，加拿大每年要向美国出售一定数量的原油，以缓解美国的能源短缺问题。(6)取消投资限制。根据双方达成的自由贸易协议，美国投资公司与加拿大公司一样享受国民待遇原则。另外，加拿大现行法律规定，加境内原为外国人拥有、价值达800万美元的公司，如果售予另外一家外国公司，需要加拿大政府审核。美加协定也对这项法律作了修正，放宽了对收购企业的数额限制。到1999年，美国公司对加拿大企业的直接收购额可放宽到1：5亿美元，对加拿大企业的间接收购限额则全部取消。(7)原产地原则。双边协议规定，全部在加拿大和美国生产的产品可以享受“
自由贸易区”待遇，对含第三国原料或零部件的产品则需要在进口国加工或者购买进口国零部件达到占其产品的直接生产成本的50%方可享有“自由贸易区”规定的原产地原则。(8)金融问题。美加贸易协议规定，加拿大将大范围地放宽美国金融公司的经营业务，解除当前对美银行的各种管制。按照新规定，加拿大商业银行和金融机构也可以在美国自由地处理加拿大的国债和各州发行的债券。美国将对其银行管理法案进行修正，使加拿大银行同美国银行一样享受同等待遇。(9)知识产权。双方同意对大多数出版刊物和著作等知识产权进行全力保护，并在多边谈判中加强双边合作。双方一致同意解决在广播领域中长期存在的问题，加拿大方面将保护其卫星转播权。(10)贸易和其他纠纷的处理。经过商定，美加两国政府一致同意组成解决贸易和其他纠纷的专家小组。该小组成员由两国各推选两人，另外从双方已经批准的名单中再挑选出一个人。另外一个由两国法官组成的小组，负责审查任何有关利益冲突，或者解决贸易与其他纠纷争议小组成员提出的指控。上述解决争议的机构，是美加自由贸易协定的重要成果之一，它对解决两国之间的一切贸易以及其他纠纷应该很有帮助。