化学结构搜索是应用于化学品的
专业搜索，以化学结构图进行精确搜索、子结构搜索、相似性搜索。化学结构搜索为化学贸易、化学研发提供了大量产品管理的技术支持。
开发
化学结构搜索技术的开发需要将产品结构转换成字符串形式进行保存，单纯以字符串保存只能使用精确搜索，还得对产品结构生成分子指纹索引，才能进行子结构搜索和相似性搜索。
以上为数据库方面的开发，进行结构搜索还必须具备一个画图工具，当前用的大部分是国外的开源画图工具，基本都需要java支持，所以集成在网站中还必须访问的用户本机装有java。
问题
以上对化学结构搜索的开发进行了简单的描述，但是当前的许多该方面的应用存在很多问题。
画图工具兼容性
因为画图工具大部分使用的java开发，所以对没有安装java的用户非常不友好，同时在加载速度放面也存在很多问题。
产品录入速度
在录入产品的时候由于需要生成产品对应的分子指纹索引，大大降低了产品录入的速度，从而使得产品数量达到一定数量级的时候录入会非常缓慢，如果在化学计算方面存在问题，甚至会导致大量产品的录入错误，最终影响搜索的准确性。
产品搜索速度
由于结构搜索需要使用到大量的计算，产品搜索速度一直以来是影响化学结构搜索的一大难题，没有经过优化的索引，常常因为遍历搜索而导致了搜索速度的缓慢，影响到用户的体验。
产品结构图生成
化学结构搜索不仅需要对产品名等数据进行显示，一个好的用户体验更需要显示搜索结果中所有产品的结构图，方便用户进行比对，但是在手性产品结构图的生成还有子结构的高亮等存在技术难度。
以上大致描述了当前化学结构搜索方面存在的一些主要难题，这些问题通常造成了许多化学公司的开发成本的提高。
服务
网络的发达很好的解决了以上的问题，例如chemspider网站提供了很好的解决方案，只需把产品上传到该网站，即可让自己产品在结构搜索的结果中出现。
但是市场需求在用户的公司网站中也拥有该功能，Structure API很好的提供了这一需求的技术支持。