但经营证券不是所有金融企业都可以经营的，只有经过有关主管部门的批准，方可经营证券。但企业作为临时运用资金买卖有价证券，国家有关政策是允许的，任何企业都可以委托证券商买进或卖出有价证券，从企业行为上看，短期投资与经营证券都是买卖有价证券，似乎是一样的。但是两者有着本质的区别。一是经营证券是一项金融业务，须经有关部门批准方可经营，而短期投资则不须经过批准，也不属于金融业务；二是经营证券是证券商的主营业务，而短期投资则是企业运用暂时闲置的资金进行附营业务；三是短期投资与经营证券在会计处理上有很大差别，短期投资核算较为简单，而经营证券要核算成本，较为复杂；四是两者的收入确认不同，短期投资以高于投资额的收益做收入，无需交纳营业税。而经营证券以证券销售收入减证券成本差价做收入，并且要交纳营业税金。《
金融企业会计制度》同时设置了“短期投资”和有关经营证券的会计科目，但企业应根据实际情况设置会计科目。