在实验室中，主要是根据所用的鉴定仪器特点、感染性疾病的类型、标本种类、采集部位等因素建立具体的微生物学检验程序。大致步骤如下。

1．获得被鉴定菌种的纯培养菌落。

2．确定染色（革兰染色、抗酸染色）、形态和排列，按科、属、种依次鉴定下去。

3．运用知识、经验、最小数量的试验方法做出鉴定。

1．生化鉴定

是细菌鉴定中最重要的一种，主要是借助细菌对营养物质分解能力的不同及其代谢产物的差异对细菌进行鉴定，包括蛋白质分解产物试验、触酶试验、糖分解产物试验、氧化酶试验、凝固酶试验等。

2．血清学鉴定

适用于含较多血清型的细菌，常用方法是玻片凝集试验，并可用免疫荧光法、协同凝集试验、对流免疫电泳、间接血凝试验、酶联免疫吸附试验等方法快速、灵敏地检测样本中致病菌的特异性抗原。用已知抗体检测未知抗原（待检测的细菌），或用已知抗原检测患者血清中的相应抗细菌抗体及其效价。血清学鉴定操作简单快速，特异性高，可在生化鉴定基础上为细菌鉴定提供确定诊断。

3．分子生物学检测

适用于人工培养基不能生长、生长缓慢及营养要求高不易培养的细菌，检测方法包括核酸扩增技术、核酸杂交、生物芯片及基因测序等。常见的核酸扩增技术有聚合酶链反应、连接酶链反应等，主要用于耐甲氧西林、结核分枝杆菌等病原菌的检测。核酸杂交有斑点杂交、原位杂交等，用于致病性大肠埃希菌、沙门菌、空肠弯曲菌等致病菌的检测。生物芯片包括基因芯片和蛋白质芯片，主要是对基因、蛋白质、细胞及其他生物进行大信息量分析的检测技术。

4．微生物自动鉴定系统鉴定

可快速、准确地对临床近千种常见分离菌进行鉴定，目前已在临床实验室广泛使用。其中，细菌16S rRNA编码基因已成为较理想的基因分离靶序列，逐渐成为临床细菌鉴定、分离的金标准。

5．质谱技术

是近年来发展起来的一种新型的软电离生物质谱，用于分析细菌的化学分类和鉴定，具有高灵敏度和高质量检测范围的优点。主要是对核酸、蛋白质、多肽等生物大分子串联质谱进行分析。

细菌鉴定是分类学的一个组成部分，临床细菌鉴定可将细菌鉴定至属和种，在细菌快速检测、细菌耐药性检测及感染细菌的流行病学调查中得到日益广泛的应用。