细菌计算机是美国科学家团队利用经巧妙设计的
大肠埃希菌,制成了可解决复杂
数学问题的细菌计算机,且速度远快于任何以
硅为基础的计算机。
简介
在
《生物工程》杂志上的研究证明,
细菌也可用于解决如“
汉弥尔顿路径问题”这样的复杂
数学难题。 随着时间的推移,细菌的繁殖不断增加,其计算能力还能继续提高。然而,对这种细菌计算机进行
编程可不是一件容易的事。
不断繁殖
计算机一直在不断“进化”之中———这话毫不夸张。就在科技界争辩着上网本与笔记本
电脑优劣之际,合成生物学家正在将传统电脑完全抛在身后;
美国一个科学家小组将
细菌加以巧妙设计,用以解决复杂的数学难题,而且速度远比由硅制成的电脑快。
能成长的电脑
这项发表于出版的《生物工程杂志》的研究证明,细菌可以用来解决称为“
汉弥尔顿路径问题”的难题。想像一下,你想游览英国的十大城市,从伦敦(第一个城市)出发。最后目的地为布里斯托尔(第十个城市)。“汉弥尔顿路径问题”需要解决的就是要找出你可以选择的最短路径。
这个看似简单的问题却是出人意料地难以解决。可供选择的路径有350多万条,常规的计算机必须一个一个尝试来找出最短路径。作为替代选择,一台由数百万细菌所制成的计算机可同时考虑每一条路径。生物世界还有其他的优势。随着时间的流逝,细菌计算机实际上将随着细菌繁殖而增强其计算能力。
设计是个难题
然而,设计这种细菌计算机可不是一件容易的事。研究人员通过改变
大肠杆菌的
DNA,将该数学问题简化为只有三个城市的版本并加以编码。这些城市由一系列会令细菌发出红光或绿光的基因代表,而城市间可能的途径由DNA的随机性排序进行探索。产生正确答案的细菌将会发出黄光。
这个试验成功了,科学家们通过检查DNA序列来核对发出黄光的细菌所给出的答案。通过使用一些额外的基因差异———比如对特定抗生素的抗性,该研究小组认为可以将他们的方法加以扩展,解决涉及更多城市的问题。
应用多个领域
这不是细菌能够解决的惟一问题。这项研究是建立在同一小组以往的研究成果之上,该研究小组去年研制了一个用以解答“翻煎饼难题”的细菌计算机。这个名称奇特的难题实质上是一个
数学排序过程,可想像为将一叠全部单面焦的煎饼按大小排序的问题。
除了证明了细菌计算的威力之外,该小组还为合成生物学领域做出了重要贡献。就像电子电路是由一些晶体管、二极管及和其他元件组成,生物电路也同样如此。
研究过程
汉弥尔顿路径问题是指,譬如有10个
城市,从北京出发,以
上海为目的地,不重复走遍所有10个城市的最短路线。这个看似简单的问题要解决起来其实超乎想象的复杂。因为从北京到上海的所有可能路线组合高达350万条,普通计算机要找出其中最短的路线需要花很长的时间,因为它一次只能尝试一条。而一台由数百万细菌组成的计算机则能同时考虑每一条路径。
研究人员通过改变
大肠埃希菌的
DNA,将该数学问题简化为只有3个城市的版本并加以
编码,这些城市由一系列会令细菌发出红光或绿光的
基因组合代表,而城市间可能的途径由DNA的随机排序进行搜寻,产生正确答案的细菌会同时发出两种颜色的光,从而将之变成黄色。
科学家们通过检查
DNA序列来校对黄色细菌所给出的答案,通过使用一些额外的基因差异——比如对特定抗生素的
抗性,该研究小组认为,他们的方法可扩展为解决包含更多城市的问题。
研究成果
研究建立在该研究小组以往的研究成果之上,研究人员在曾研制了一个用以解决“翻煎饼问题”的细菌计算机。“翻煎饼问题”简单说就是要把一叠不同大小、半面焦且金黄焦面向下的煎饼,利用一只翻铲,将每一焦面全部向上,同时将最大片的置于底部,最后计算出此一问题的可能解答数。
此项研究除了证明细菌计算的能力之外,还为合成生物学领域做出了重要贡献;电子电路由
晶体管、二极管及其他元件组成,
生物电路也是如此。合成生物学家们已共同创建了《标准生物零件登记簿》,而此项最新研究的成果又为这个登记簿增添了60多个新零件。