细菌的鉴定是对细菌进行各方面的检查。例如：细菌对于碳水化合物的代谢试验、吲哚试验、淀粉的水解等各种试验。

胃肠道的正常菌群可分为需氧菌、兼性厌氧菌和厌氧菌。最居优势的是厌氧菌，占菌群总数的99%，其中仅类杆菌和双歧杆菌就占90%，而乳杆菌和双歧杆菌可与我们终生相随。这些正常菌群的种类以及比例均正常。

有些细菌可以分解色氨酸生成吲哚可以与二甲基氨基苯甲醛反应生成红色的玫瑰吲哚，因此可根据细菌能否分解色氨酸产生吲哚来鉴定菌种。

异常结果：(1) 肠道的内环境不处于动态平衡，正常细菌的比例失调。 痛、胃酸、胃胀、腹泻、腹痛、下坠、脓血便等症状，严重时还会引起消化道出血、穿孔、诱发癌变，如胃癌、结肠癌等。 (2) 埃希氏菌引起肠道外感染，特别是泌尿道感染。枸橼酸杆菌属引起原发性枸橼酸杆菌肺炎或继发性枸橼酸杆菌肺炎。病理改变主要表现为支气管肺炎，可有肺泡壁破坏形成小脓肿及局灶性出血。克雷伯菌属引起的呼吸道感染 、败血症、化脓性脑膜炎、尿路感染等临床症状。还有沙门菌属、变形杆菌属等引起的各种异常症状。(3) 某些细菌水解淀粉并利用其水解产物，有产酸产气导致人体的不适。　需要检查的人群： 有消化道出血、穿孔、诱发癌变等各种细菌感染症状者。

不合宜人群： 暂时不明　检查前注意：要保持良好的作息习惯，注意正常的饮食习惯。　检查时要求：积极配合医生

(1) 吲哚试验　方法：以接种环接种待试细菌的新鲜斜面培养物于邓亨氏蛋白胨溶液中， 37℃培养24-48小时后(可延长4-5天)。于培养液中加入戊醇或二甲苯2-3ml，摇匀，静置片刻后，沿试管壁加入试剂2毫升。在戊醇或二甲苯下面的液体变红色者为阳性反应。　也可将一指头大的脱脂棉，滴上两滴欧立希氏试剂，再在同处加滴两滴高硫酸钾(K2S2O4)饱和水溶液，置于含培养液的被检试管中，离液面约半寸，置烧杯内水浴煮沸为止，脱脂棉上出现红色为阳性。此法略繁，但省试剂且准确，因为将试剂加到液体中，吲哚和粪臭素均呈阳性，而用此法，只是吲哚(它能挥发)呈阳性反应。　亦可以滤纸片浸湿1%的二甲基苯丙烯甲醛的10%浓HCl溶液，然后以接种环刮取一环琼脂的纯培养物涂布于该滤纸上。　细菌涂印周围呈蓝色者为阳性，细菌涂印周围无色泽变化或淡黄色者为阴性。　(2) 淀粉的水解　淀粉在酸的催化作用下，能发生水解;淀粉的水解过程：先生成分子量较小的糊精(淀粉不完全水解的产物)，糊精继续水解生成麦芽糖，最终水解产物是葡萄糖。　对剂：碘化钾 2g 蒸馏水 300ml　培养基：将细菌接种在平板上，置37度温箱中培养24h，加革兰氏碘液于菌落上，观察颜色变化，呈蓝色者为阴性，无蓝色为阳性。　(3) β-半乳糖苷酶试验　试剂：0.75M ONPG溶液：取80mg溶于15ml蒸馏水中，在加入缓冲液(6.9g NaH2P04溶于45ml蒸馏水中，用30% NaOH调整pH为7.0，再加水至50ml)5ml，置4℃冰箱中保存。　方法：取纯菌落用无菌生理盐水制成浓的菌悬液，加入0.25ml ONPG液，置35℃水浴20min至3h，观察结果。　结果判定：通常在20-30min内显色。出现黄色为阳性反应。

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