纳豆，起源于中国古代，自秦汉（公元前221年-公元220年）以来开始制作，由黄豆通过纳豆菌（枯草杆菌）发酵制成豆制品，具有黏性，气味较臭，味道微甜，不仅保有黄豆的营养价值、富含维生素K2、提高蛋白质的消化吸收率，更重要的是发酵过程产生了多种生理活性物质，具有溶解体内纤维蛋白及其他调节生理机能的保健作用。

日本古书《和汉三才图会》记载：“纳豆自秦汉以来开始制作。”始于中国的豆豉，日本也曾称纳豆为“豉”，平城京出土的木简中也有“豉”字。由于豆豉在僧家寺院的纳所制造后放入瓮桶贮藏，后由禅僧从秦汉传播到日本寺庙，所以纳豆首先在寺庙得到发展，是以亦称“唐纳豆”或“咸纳豆”。随后依当地环境发展出纳豆，如日本不用豆豉而用大酱，或用酱油不用豉汁。在日本更基于各地区特色，传承出诸如大龙寺纳豆、大德寺纳豆、一休纳豆、大福寺的滨名纳豆、悟真寺的八桥纳豆等等地方特产。

传统制法将蒸熟的黄豆用稻草包裹起来，稻草浸泡在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在40摄氏度放置一日，稻草上常见的枯草杆菌（纳豆菌）因可产生芽孢而耐热度高，杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。