纳土纳海地处热带,赤道横贯海域中部,气候高温多雨,为
热带雨林气候。苏门答腊岛沿岸年均气温达26℃,年均降水量2000~3000毫米。
本海域绝大部分为
印度尼西亚领海,大部分属
西加里曼丹省、
廖内群岛省和邦加—勿里洞省。海域资源丰富,海区盛产热带鱼类,各岛盛产热带经济作物。苏门答腊岛盛产石油,邦加—勿里洞岛盛产锡矿,为东南亚锡矿带最南端,邦加、勿里洞岛有“锡岛”之称,是世界著名锡矿带的重要组成部分。还有铁、铜、铅等矿。
本海域位于太平洋和印度洋重要航线上,北上可通南海,南下可至爪哇海,并经爪哇海东至印度尼西亚诸岛间海,或向南经巽他海峡、龙目海峡入印度洋,向西可经新加坡海峡入马六甲海峡,在交通和军事上都具有十分重要的价值。沿岸重要港口有:
新加坡,世界著名港口和转运站;
巨港,印度尼西亚重要的石油工业基地;邦加岛上的
槟港,为印度尼西亚重要的海军基地。