康杜伊特曾打算为牛顿写一本传记（最后并未成功），因此他在牛顿去世前就对他做过一次专访，在其去世后仍四处搜集有关牛顿的生平轶事。但对于手稿里的内容，他却不愿对外透露一个字。部分原因是这些手稿数量巨大、散乱、难以整理，更重要的是，他要维护牛顿的个人声誉。
牛顿的宗教思想到底如何？这些秘密就藏在他的手稿中。他留下的手稿除了涉及力学、数学、光学的探索笔记外，还有很大一部分是关于秘密的
炼金术配方以及拒斥三一神论的、激进的异端思想。所以不难理解，康杜伊特为何始终将这些手稿藏于家中，使之远离外界窥探的目光。也正因为手稿的隐匿，对于牛顿宗教思想的种种猜测，最终未能对牛顿的公共形象造成实质性的伤害。
1737和1739年，康杜伊特和妻子相继去世。此后，牛顿手稿转到了与他们女儿联姻的朴茨茅斯家族手中。此后的150多年间，这些手稿静静存放于朴茨茅斯家族的赫斯特本庄园之中，除了偶尔有人匆忙翻阅之外，再无波澜。