系统科学哲学指的是科学技术哲学分支之一。研究系统科学中的哲学问题的一门学科。介于哲学与系统科学之间的边缘学科。随现代系统科学的建立而产生。系统科学具有“元科学”、“方法论”或哲学方面的性质。1972年，贝塔朗菲在《一般系统论的历史和现状》一文中指出，系统科学哲学是由于系统成为新的科学规范(区别于古典科学的分析性的、机械论的、线性因果关系的规范)而产生的世界观方面的变化。

系统科学哲学的研究内容主要有两个方面：(1)系统本体论。主要研究一切系统的共同特征和规律,说明系统的本质，各种系统在被观察的世界的各级水平上的体现，从而构造出一个系统世界的理论模型。(2)系统认识论和系统方法论。即将系统思想运用于认识论，研究认识系统特别是认识复杂系统的方法论原则，诸如整体综合性原则、组织结构性原则、功能自主性原则、层次有序性原则等等。