系统思维方法即通过系统思维而实现整体综合的认识方法。19世纪以前，还原思维方法一直是自然科学与社会科学的基本方法，即一种先把整体分解为部分，再从部分的总和把握总体的单变量的、分解式的思维方法。19世纪的三大发现揭示了客观世界的普遍联系，导致了还原论与反还原论的论战。马克思主义的辨证唯物论关于“自然界的所有过程都处于一种系统联系中”的哲学思想，彻底地批判了还原论，但系统思维方法作为科学方法，直到20世纪中叶以后，随着“三论”的确立才占据了主导地位。

系统方法是现代科学思维的基本方法，它是以系统理论为基础，把对象作为多方面联系的动态整体来加以研究的方法。简单来说就是对事情全面思考，不只就事论事，而是把一件事放在普遍的联系中，是把想要达到的结果、实现该结果的过程、过程优化以及对未来的影响等一系列问题作为一个整体系统进行研究。这种思维方法是人类掌握的最高级、最科学的思维方式。

整体法

是在分析和处理问题的过程中，始终从整体来考虑，把整体放在第一位，而不是让任何部分的东西凌驾于整体之上。整体法要求把思考问题的方向对准全局和整体、从全局和整体出发。但同时它不排斥重视局部，是在整体观的指导下使局部问题得到解决，以实现整体功能的最大发挥。

结构法

进行系统思维时，注意系统内部的结构性。系统由各部分组成，部分与部分之间组合是否合理，对系统有很大影响。这就是系统中的结构问题。好的结构，是指组成系统的各部分间组织合理，是有机的联系。从结构的方面着手研究问题能使思维清晰、有条不紊，在这个过程中也能尽量避免错误。

要素法

每一个系统都繁杂的因素构成的，其中相对具有重要意义的因素称之为构成要素。要使整个系统正常运转并发挥最好的作用或处于最佳状态，必须对各要素考察周全和充分，充分发挥各要素的作用。

功能法

是指为了使一个系统呈现出最佳态势，从大局出发来调整或是改变系统内部各部分的功能与作用。在此过程中，可能是使所有部分都向更好的方面改变，从而使系统状态更佳，也可能为了求得系统的全局利益，以降低系统某部分的功能为代价。