神界中的天神和魔界中的妖魔以及尘世中的人间本不相通，在洪荒时代，大地忽然失去了平衡，无边无际的大洪水冲破了神、人、魔三界相隔的“天维之门”。神、人、魔三界得以相通。洪水在人间泛滥成灾，邪魔从恶水中得到了强大的幽暗之灵，很快就成为大地上的统治者。天神们不能容许妖魔对人类的欺凌，太阳神炎帝和众神降临人间，在不周仙山建起了太阳神殿。天神们治理水患，开始了一场驱逐群魔，修复“天维之门”的千年神魔大战。在治理水患，消灭邪魔的过程中，神与人结下了同盟，并得到人间的祭祀。故事从太阳神炎帝和众天神在人间镇压最后的大邪魔地魔兽时，一场来自天神内部的叛逆发生了，神人魔三界一场全新的角逐开始了。
该剧以上古奇书《
山海经》为蓝本，系统表现了中国原汁原味的神话传说，是凝聚了古代先人们的历史和想像力的结晶。电视剧《精卫填海》将《山海经》中一些脍炙人口的神话传说如“
夸父追日”、“
后羿射日”、“
刑天舞干戚”、“
共工怒触不周山”等进行重新解构、组合而成的一个全新的神话故事。
为了再现《山海经》的神话世界，制作方在电脑动画特技上进行大投入，该剧电脑特效长达230分钟以上，超出了2005年国内电视剧的电脑特效的一般水平，即100分钟左右。该剧还是国内第一部将电脑动画人物结合真人同场演出的电视剧。
该剧取材与中国上古奇书《山海经》中的神话传说，使该剧拥有了厚重的文化底韵。剧中荡气回肠的爱情，英雄无敌的正义，节奏鲜明畅快，一波三折的故事，让观众回味无穷。电脑特技也比较强大，许多特效镜头气势磅礴（南方网评）。
该剧电脑特效过多，让人视觉产生疲劳。情节奏过于缓慢，对于这样一部存在正义与邪恶的神话剧，一些紧张、悬念四起的情节更能抓住观众的心，但在这部剧里并没有体现这一点（
张晓然评）。