粪尿混合处理是通过环境工程的手段,利用微生物的新陈代谢作用和物理化学作用，完成对粪尿污染物的降解，最终转化为CO2 和水排入环境，同时再生出清洁的水供冲洗厕所使用或直接排放进入环境。通过各种技术手段或社会分工协作，对厕所所收集的粪污进行就地处理或异地处理，使粪污无害化后再回归于环境。

目前的生态性厕所利用率最多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量，竞争性的抑制并杀死粪便中的病原性微生物，吸附、降解、转化粪便中产生的臭味物质，实现了粪便的无害化、资源化处理。能达到零排放的功能，对环境完全不造成任何污染。