等电点沉淀法是利用蛋白质在等电点时溶解度最低而各种蛋白质又具有不同等电点的特点进行分离的方法。

在等电点时，蛋白质分子以两性离子形式存在，其分子净电荷为零(即正负电荷相等)，此时蛋白质分子颗粒在溶液中因没有相同电荷的相互排斥，分子相互之间的作用力减弱，其颗粒极易碰撞、凝聚而产生沉淀，所以蛋白质在等电点时，其溶解度最小，最易形成沉淀物。等电点时的许多物理性质如黏度、膨胀性、渗透压等都变小，从而有利于悬浮液的过滤。

1．不同的蛋白质，具有不同的等电点。在生产过程中应根据分离要求，除去目的产物之外的杂蛋白；若目的产物也是蛋白质，且等电点较高时，可先除去低于等电点的杂蛋白，如细胞色素C的等电点为10.7，在细胞色素C的提取纯化过程中，调pH=6.0除去酸性蛋白，调pH=7.5～8.0，除去碱性蛋白。

2．同一种蛋白质在不同条件下，等电点不同。在盐溶液中，蛋白质若结合较多的阳离子，则等电点的pH值升高；因为结合阳离子后，正电荷相对增多，只有pH值升高才能达到等电点状态，如胰岛素在水溶液中的等电点为5.3，在含一定浓锌盐的水—丙酮溶液中的等电点为6；如果改变锌盐的浓度，等电点也会改变。蛋白质若结合较多的阴离子(如C1-、SO42-等)，则等电点移向较低的pH值，因为负电荷相对增多了，只有降低pH值才能达到等电点状态。

3．目的药物成分对pH值的要求。生产中应尽可能避免直接用强酸或强碱调节pH值，以免局部过酸或过碱，而引起目的药物成分蛋白或酶的变性。另外，调节pH值所用的酸或碱应与原溶液中的盐或即将加入的盐相适应，如溶液中含硫酸铵时，可用硫酸或氨水调pH值，如原溶液中含有氯化钠时，可用盐酸或氢氧化钠调pH值。总之，应以尽量不增加新物质为原则。

4．由于各种蛋白质在等电点时，仍存在一定的溶解度，使沉淀不完全，而多数蛋白质的等电点又都十分接近，因此当单独使用等点电沉淀法效果不理想时，可以考虑采用几种方法结合来实现沉淀分离。