战争过程
新吉恩压制各SIDE阶段
（0088年2月——0088年6月）
阿克西斯在2月29日发表了复兴吉恩的宣言，打出
新吉恩的旗号，开始向各SIDE派遣压制部队。而此时地球圈的局势可以说是乱成一锅粥，
提坦斯已被打败，奥古同样元气大伤，地球圈中唯一有实力对抗新吉恩的只有地球联邦军，而联邦军这时竭力避免和新吉恩发生战斗，结果新吉恩几乎畅行无阻的新吉恩军顺利进入了各SIDE进行压制（在有奥古部队驻守的殖民卫星里发生过零星战斗）。
联邦军当时之所以对新吉恩消极避战，与其是说战力尚未从
格利普斯战争的损失中恢复，倒不如说是因为提坦斯尚未被彻底剿灭，就在新吉恩军凯拉队，拉坎队，菲亚顿队等部队进入各SIDE之时，联邦军正全力对付在格里普斯，培曾等地的提坦斯残部和新提坦斯势力（当时都已沦落为叛军），加上之前和阿克西斯有协议，所以联邦军顺水推舟，对新吉恩的行动视而不见。（联邦这是标准的攘外必先安内，联邦军或许以为打着吉恩旗号的新吉恩会遭到宇宙居民的强烈抵抗，但是他们想错了）。
在压制各SIDE的行动中，新吉恩军在
哈曼·卡恩的指示下一改一年战争的吉恩军的作风，在各SIDE大行怀柔政策（ZZ里马修文就是典型，除此之外还有菲亚顿等人），用大笔金钱收买当权者，在老百姓面前树立保护者的形象，不仅搂拢到了民心，甚至把奥古在Side-1南海天堂的警备部队指挥官“黑熊”巴恩也拉拢了过去。哈曼的这一决策无疑是十分正确的，阿克西斯的人力物力毕竟十分有限，要想打败联邦，宇宙居民的支持是不可缺少的，也避免了陷入吉恩在一年战争中失道寡助的窘境。新吉恩就这样以轻易的从占领的各SIDE殖民卫星上获得了源源不断的资源，极大的充实了自己的力量。
从0088年2月到6月，除了奥古和新吉恩还保持着格利普斯战役之前就开始的交战状态（亚加码号这一期间多次和新吉恩军交火），联邦军和新吉恩一直相安无事，擅自进攻新吉恩战舰英德拉号的约翰上校被处以了军法严惩。
对于联邦来说，他们利用这几个月的时间平定了新泰坦斯之乱，压制了格利普斯1，同时奥古也完成了对联邦的全面主导。而新吉恩不仅占领了各SIDE，还成功收编了提坦斯的残部，力量进一步扩充。新吉恩的菲亚顿舰长以因为同时收编了奥古和泰坦斯的人员而得到了哈曼的亲自接见。
地球攻侵阶段
（0088年6月——0088年10月）
从0088年6月哈曼·卡恩开始派遣先遣部队降落至地球，到8月哈曼·卡恩亲自降下地球，新吉恩开始大举攻侵地球。
新吉恩军的攻势几乎是0079年吉恩攻侵地球的翻版，一路势如破竹，迅速占领了非洲，欧洲和美洲的战略要地。达喀尔，纽约等重要城市相继被新吉恩控制，新吉恩甚至在北欧
斯堪的纳维亚半岛建立了大规模的基地（在0092年才被联邦军摧毁）。但是当时的联邦军已经不再是0079年的联邦军，联邦军和
卡拉巴装备有雷姆，陆战用百式改，Z Plus等新锐MS，新吉恩之所以能如此如入无人之境，联邦和卡拉巴的轻敌是很大的原因。
由于准备的不足，联邦军和卡拉巴难以抵挡新吉恩凌厉的攻势，在这次攻侵作战中，新吉恩以战舰为主力，直接降下到地球，给了联邦军很大的压力（一年战争中吉恩军曾想将一艘格瓦金级战舰降下地球，但是因为吉恩内部的权力之争而失败。而这回新吉恩则成功将萨达朗级等战舰降下到地球，不仅让联邦军日子更长难过，还给新吉恩的部队提供了移动基地，在机动战士高达ZZ和吉恩的再兴中我们可以看到新吉恩的部队大多是以战舰作为基地活动的）。
新吉恩在这次攻侵作战中投入部队的数量是远远超过了一年战争中吉恩投入的部队，要知道在一年战争中，吉恩降下地球的部队也不过四个机动师团和其他部队。
新吉恩的失利及余波
（0088年11月——0092年）
阿克西斯攻略战的失败对奥古来说重大的打击，之后奥古又不得不重新依靠亚加码队。同时联邦内的主和派获胜，将Side-3交给哈曼·卡恩，这无疑是新吉恩的又一个胜利，新吉恩随后开始将部分军力调往Side-3。就在此时，格雷米之乱爆发了。
0088年12月5日，哈曼派去追击新亚加码号的格雷米部忽然掀起叛乱，
格雷米·托托在扎比派的支持下占领了阿克西斯并还暗中策划要暗杀哈曼。，导致了新吉恩军分裂为哈曼军和格雷米军两大敌对的势力。
0089年1月17日，哈曼战死，新吉恩随即陷入群龙无首的局面，此时在阿克西斯攻略战中损失惨重的奥古舰队又重整旗鼓，一举压制住了在Side-3的新吉恩军，占领了阿克西斯。
至此，新吉恩军完全分崩离析，在地球上当时还尚有庞大的新吉恩部队，但是他们失去了领导，又断绝了后勤来源，而联邦军则在0089年4月重新整编了战力，开始讨伐新吉恩在地球的部队。一部分新吉恩部队此时乘战舰从地球撤离，而也有不少新吉恩的部队继续在地球坚持与联邦军作战，一直坚持到0092年
夏亚准备对地球实施长期寒冷化作战之前才从地球撤离。