JR九州与南阿苏铁道在立野车站站区内拥有各自的站房，其中JR部分配置有一座
岛式月台、两条乘车线。南阿苏铁道虽然并没有直接与JR共用月台，但该公司的月台其实与JR的站房设施相接，东端为南阿苏铁道的乘车月台与站房设施，西端为JR的房设施，此月台中央设有指示牌说明两侧所属的公司不同，两边相隔间距约20米。
由西北方向（
熊本方向）进入本站的丰肥本线在过了车站月台的中段后直接就变成南阿苏铁道高森线的轨道，反而是要继续行驶丰肥本线的列车，必须在进入立野车站后倒车出站，并且在车站西北侧不远的
道岔处改行偏北的岔线（偏南的岔线则是原本往熊本方向的路线），进入一条车辆留置线之后，再次倒车，并再次遇到另一个道岔转走更偏北侧的岔路之后，才会完全进入驶往大分方向的丰肥本线正线，而变成一个“之”字形的折返线。