到了唐宪宗元和年间(约815年)寺庙有所扩建,著名高僧圭峰禅师(俗名何炯,西充多扶镇人),已成为华严宗第五代祖师,曾重返故乡讲经说法,在竹林寺坐禅。著有《佛学手本》一书,用宣纸亲笔恭楷书成,藏于寺内之藏经阁。自此殿宇日增,高僧云集,乃改少祖山为圭峰山,更竹林寺为
圭峰禅院,香火渐盛。武宗灭佛,寺庙遭毁;宣宗崇佛,庙宇复兴。
懿宗咸通年间(约870年),高僧白窦禅师安禅于此二十余年,在大雄殿跪诵佛经,年深日久,石上出现双膝深痕,游人争睹,无不惊叹。他四处募化,修建了桂香殿、藏经阁、
卧佛殿、百子殿等殿堂。在卧佛殿内铜铸卧佛一尊,体长一尺八寸,闭目侧卧,神态逼真。懿宗召见他去长安设坛讲经时,御赐印度进贡的菩提树二株,带回栽于百子殿前,枝叶繁茂,伸张若伞。圆寂后,葬于寺中,信众敬仰,因改
圭峰禅院为窦禅寺,直至今日。
宋神宗熙宁二年(1069年),名臣王珪(四川华阳人)书赠“窦禅古刹”四字,镌碑立于寺前山门。清高宗乾隆十年(1745年),追念先帝康熙贤臣张鹏翮诞生此地,手书“第一名山”赐赠窦禅寺,更是名满天下。
该寺住持道亮返寺,见林中有新土,掘得此金,用以大建寺庙,广塑佛像,又在百子殿内,彩绘108幅壁画,多为名家手笔。道亮圆寂后,其徒达超为其修塔,置骸塔中。达超继任住持后,旋去
成都文殊院任方丈,曾赠铜铸千手观音像一尊给窦禅寺,原先赠道亮沉香手珠108颗,价值连城,亦存寺中。