世界受“
魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师──空战魔导士。就读空战魔导士培育机构──学园浮游都市“密斯特岗”的
彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
空战魔导士候补生的教官漫画 ，这是一个人类与脱离大地的魔甲虫共存，并且互为死敌的世界。而男主角奏多英司原本是S128特务小队的王牌，被誉为“黑之剑圣”。可是如今他却被当成“特务小队的叛徒”，而前往后方成为连战连败的E601小队的教官。而等待他的，则是三名并不算好伺候的少女：聪明而性格恶劣的理子·弗拉梅尔、如同小动物一般胆小的瑞库迪·艾森纳赫和正义感很强的小队长美空·惠特迪尔。那么奏多英司的命运，究竟又如何呢……