穴居动物指的是穴居生活的一些动物，有陆生的，也有水生的，多数都不喜欢运动，而且视觉退化，但其他感觉发达，如嗅觉。

在自然界的生态平衡中，穴居动物的作用是不可低估的——它们有利于有机物质的再循环。若没有它们的辛勤劳动，地球的土壤就不会那么肥沃。当然，穴居动物在挖洞时是不会考虑到对地球的益处的，它们挖洞的目的是要躲避食肉动物的袭击。正是出于这种考虑，动物学家才把挖洞的蜣螂和挖管道把小鸟藏起来的灰沙燕等称作穴居动物。

世界上，生活于洞穴及地下生境的动物的进化，是在无阳光及绿色植物的生活中进行的。它们的生活周期是在相对简单、稳定的地下环境中完成的。这些种类包括扁虫、蠕虫、螺类、蜘蛛类、多足类、昆虫、鱼类及蝾螈类等，统称穴居动物，而穴居动物的种类也比一般想像的多。

博物学家及动物学家一直被要求来解释穴居动物的起源与地理分布问题，他们许多的解释对进化生物学具重要的含意。一般认为洞穴动物起源于生活在地面上而部份适应了洞穴环境的祖先，可能是从淡水、海洋及陆地环境而进入并移居于洞穴的，它们通过遗传隔离，相继变化适应了润穴生活，导致洞穴动物的物种进化。穴居动物区系大都是很古老的，他们的祖先当地面的条件改变后消灭或迁移它处，孤独的残存种则在洞穴中避难生存，躲避了地面环境干扰。

洞穴包括水生及陆生两种生境。洞穴中全部是黑暗的，没有光合作用及初级生产者（只有化学合成的自养生物或可供给洞穴以能量，但微不足道）。深而隔离的洞穴具有相对恒定的温度，约为当地地面的平均温度，地下陆生环境由于蒸发低而保持相对高的湿度。

在绝大多数的洞穴生态系中，基本的食物来源是外来的有机物，溪流中的有机物通过陷孔及开口而流入地下，在被一些洞穴动物利用之前，先被微生物分解，主要是一些真菌，这些真菌也是许多涧穴动物的食料之一。另外的营养来源即周期性生活在地面的洞穴动物如蟋螂蝙蝠等的卵、粪及尸体。有些地区洞穴中的能量来源是树根。

多数洞穴是由石灰岩或玄武岩构成。溶洞经腐蚀、温度变化等作用缓慢的发展而成，称卡斯特区。而另一类的熔岩洞则是由于火山喷发，流动、冷却而成。洞穴动物则栖居在充满地下水的闻隙中，尚有一些是柄居在贴近土层的外套岩裂隙中。

通讯是当今动物生态学研究的热点之一，而穴居鼠特殊的生活环境导致其通讯方式与其他小哺乳动物有很大区别。

声音通讯是其通过发声器官产生声音进行信息传递，由于穴居鼠的听力被严格限制在低频范围，因此其发声能量主要集中在低频域,声音包含信息较多，如领域标记、竞争、求爱和性交等，特别对独居物种而言在繁殖期有重要作用；

震动通讯是穴居鼠特定的躯体部位敲击洞壁产生震动进行信息传递，主要功能为非繁殖期护域和繁殖期的求偶信息；

化学通讯借助化学信息素进行信息传递，该通讯方式有诸多优点，能绕过障碍物、能耗低,不需近距离接触，传播距离较远且持续时间较长，在性别和繁殖状况等信息传递中起主要作用。

底栖穴居动物是潮滩生态系统的重要组成部分,它在潮滩湿地生态系统内营养盐的循环过程中起着非常重要的作用。研究发现大型底栖穴居动物的活动，会导致沉积物硅和磷的释放通量明显降低，而氨氮的释放通量和硝酸盐的吸收通量则显著上升； 穴居动物的活动还可以大大促进氨的硝化和反硝化作用之间的辋合；底栖动物的排泄物对沉积物中氮的迁移转化也有重要作用。

底栖蟹类动物是底栖穴居动物的一种，对其研究分析，发现有以下作用：

1、底栖蟹类动物通过掘穴，增加了沉积物中氧气的含量，对沉积环境影响显著，使沉积环境趋于氧化环境。

2、蟹类动物的掘穴作用，加剧了沉积物中N的氨化作用与硝化作用之间的耦合关系，促进了沉积物中的有机氦向NH4+-N的转化、NH4+-N向NO3--N 的转化。

3、蟹类动物的捆穴作用促进了沉积物形态磷之间的相互转化。