在长江中下游地区，乃至全国其它各冬、春小麦栽培区，进入麦熟期与雨季吻合，经常遇有连阴雨或潮湿天气，造成穗发芽。其原因一是小麦成熟时的环境条件影响；二是受穗部形态如颖壳形态、穗的大小、疏密程度、芒的长短等遗传因素影响。①休眠期短的品种易穗发芽。②
小麦种子籽粒胚乳对刺激麦粒合成α淀粉酶活性的GA#3反应敏感的品种易穗发芽。③凡小麦颖壳中含有发芽抑制物少的品种易发芽，反之则抗穗发芽。④麦穗籽粒吸水速率受麦穗结构影响，吸水快的品种，穗发芽严重。℃茎秆坚韧，穗子稀疏，无毛等有助于抗穗发芽，此外，小花开放状态、穗子蜡质程度、芒长、粒色、颖片坚韧度、穗子
密度对穗发芽具有修饰作用。综上所述籽粒低的α淀粉酶活性、小的籽粒吸水速率、低的GA#3含量及颖壳中的发芽抑制物是小麦抗生理发芽性的主要机理。种子休眠性仅是影响发芽因素之一，最终受内部生理生化特性制约。籽粒的吸水特性及α淀粉酶活性直接影响穗发芽性。品种的开态结构对穗发芽抗性起修饰作用。许多研究者认为，穗发芽抗性存在显著的基因型与环境互作效应。
(1)选用培育抗穗发芽或早熟、适应当地种植的小麦品种。(2)适期播种，使小麦成熟期尽量躲过当地的雨季，必要时在雨季到来之前喷洒“穗得安”，可有效地防止穗发芽。(3)小麦成熟后马上组织收割机抢收、抢打，尽快晾干入库。(4)已经发芽的据实际情况尽可能减少损失。
2022年12月，中国科学院遗传与发育生物学研究所储成才团队和高彩霞团队找到了调控水稻、小麦穗发芽问题的两个“开关”，包括负调控种子休眠的关键基因SD6和正调控种子休眠的基因ICE2。研究者认为两个基因“双剑合璧”，有望为因种子穗发芽导致的大规模农业损失提供解决方法。该成果12月6日在线发表于《自然—遗传学》杂志。