于是把他囚禁狱中，建文元年，果然北方靖难兵起，皇帝赶快把程济从狱中放出来，并升为征北军事。他上奏皇帝说：“我不愿做功臣，我只愿做一个智士就足够。”后来建文帝四年，燕王的军队攻破南京，杀进金川门，建文帝想要自杀，程济说：“与其死掉，不如出逃。昔先帝留下一个箱子，说有难时开启。”遵而行之，左右速取红箱至，俱固以铁。济曰：“砸碎，得度堞三张，加裟、帽、剔刀俱备，白金十锭。”朱书遗诏曰：“建文从鬼门出，随臣从水西门御沟行，济亲为帝祝发。帝至鬼门，一舟靠岸，舟人乃神乐观道士王升。”他夜梦太祖使臣楫舟接帝至此，会神乐观，程济等三十二人随帝逃出了南京城，跟随皇帝到了滇南。闲来无事，皇帝命他作诗，程济诗中抒发了流亡在外的悲苦。皇帝喜欢吟诗，先帝在日，命吟新月诗曰“月落江湖里，蛟龙不敢吞”之句。先帝不幸，帝出亡。赋诗云：“牢落西南数十秋，萧萧白发已盈头。乾坤有限家何在？江汉无情水自流。长乐宫中云气散，朝元阁上雨初收。新蒲细柳年年彩，野老吞声哭未休。”