贯彻执行党和国家科学技术工作的方针、政策、法律和法规；组织拟定并实施全区科技发展和科技促进经济与社会发展的战略、政策和措施；研究拟定并组织实施“科教兴区”战略和科技体制改革的政策、措施。

（二）组织编制秦淮区区科学技术发展中长期规划和年度计划；研究多渠道增加科技投入的措施，协同区财政部门共同管理全区科技三项费、科学事业费、各类科技基金及经费；协同区统计局负责全区科技统计监测工作。

（三）组织实施秦淮区区科技攻关、高新技术开发、社会发展科技进步、软科学研究等重点科技工作和新产品试制、科技成果推广等科技计划。

（四）加强科技创新及高新技术产业化工作，承担对全区各类科技园区、科技中心、科技创业服务中心的指导、协调和管理；负责秦淮区区级高新技术企业、高新技术产品及新产品的认定工作。

（五）归口管理秦淮区区科技成果、科技奖励、科技保密等工作。

（六）组织实施秦淮区区专利和知识产权工作有关事宜，统筹协调秦淮区区涉外知识产权事宜。

（七）协调指导秦淮区区中小企业科技创新工作，培育科技型中小企业；归口管理民营科技企业。

（八）参与科技人才管理和自然科学领域学术、技术带头人的选拔、培养工作。

（九）牵头负责秦淮区区科学普及工作，承担区科普联席会议的日常工作。

（十）指导、协调秦淮区各街道及有关部门的科技管理工作；组织实施社会发展科技试点工作。

（十一）承担区防震减灾工作联席会议办公室日常工作。

（十二）承办秦淮区区委、区政府交办的其他事项。

根据上述职责，市科技局内设7个职能科室。

（一）办公室

负责局机关后勤工作；管理全系统行政经费、自然科学事业费、科技三项经费；负责机关财务、接待工作。

（二）政工科

负责全系统综合协调、党务、政务、人事、文秘、扶贫、实绩考核、工青妇、体制改革等工作。

（三）农牧业科

负责全市农牧业项目的筛选、审核、论证、立项、申报工作，并组织实施、检查、指导；负责国内外先进农牧业新技术、新成果、新材料的引进、试验、示范工作；规划编制等工作；组织、牵头农牧业科技特派员工作的规划、计划、总结、督促、指导、协调等工作。

（四）高新技术产业科

研究全市工业领域高新技术发展及产业化的政策措施；组织提出工业领域高新技术发展规划和计划；组织实施国家、自治区和全市科技攻关计划、工业领域科技项目、高新技术园区、高新技术产业开发区和工业科技园区的有关工作；组织、牵头企业科技特派员工作的规划、计划、总结、督促、指导、协调等工作。

（五）技术市场管理科

贯彻实施有关技术市场的法律、法规，管理监督全市技术贸易机构，进行年度检查，培育全市技术市场，发展科技中介组织，帮助民营科技企业和各类民营科技服务组织的建立和审核，对各类技术贸易机构实行监督检查，规范服务功能和质量，检验技术贸易证书，进行技术贸易情况的统计、分析、上报等工作。组织、申报、实施社会领域的国家、自治区重大科技计划、科研项目；组织、申报、管理工作；负责自然科学基金计划及基础研究规划方面的工作。

（六）知识产权科

贯彻执行国家关于知识产权有关工作的方针政策、法律法规，研究提出加强我市有关知识产权保护工作的措施办法；做好有关知识产权必要的协调工作；研究制定我市专利工作发展规划和专利信息网络规划，并组织实施；负责全市专利转让、专利贸易许可，专利权质押，专利广告的出证管理工作，负责并指导旗县市处理专利纠纷和查处冒充专利行为的工作；负责全市专利代理机构、人员资格的审报；组织推动《中华人民共和国专利法》及有关法规的宣传普及工作；制定有关专利工作的教育与培训规划；负责有关专利和知识产权的统计和档案管理等工作；负责全市科技奖励工作。

（七）计划成果管理科

研究全市科技发展战略，编制全市中长期科技发展规划和科技项目计划；负责全市各类科技计划的协调和配置；负责各类科技计划的呈报、下达、汇总、验收、统计；负责全市科技成果的鉴定、验收、评审、登记。