秦朝所置秣陵、江乘、丹杨三县县治都在今南京地区，其管辖范围为
宁镇山脉以南，
横山以北，茅山以西的广大区域。起初均隶属鄣郡，后又一度改属
会稽郡。今
秣陵街道（一名秣陵关），就是
秦汉时代南京地区的
政治中心——秣陵县城。
李清照的词“春归
秣陵树、人老
建康城”，说的就是南京。
西汉元鼎四年（前114年），刘缠死后，因其无子，秣陵侯国被除。
秣陵侯国存在15年后即告终，又恢复为秣陵县，属鄣郡。
东汉建安十六年（211年），
孙权于楚
金陵邑建
石头城（今南京市
清凉山石头城遗址），改秣陵县为
建业县，县治由秣陵关迁往石头城。南京民谚云：“先有秣陵，后有建业”，说的便是这段历史。
西晋太康三年（282年），分
淮水北为建邺、南为秣陵。秣陵县治在迁往石头城70年后，又迁回了秣陵关（今南京市
江宁区秣陵街道）。