1544年西班牙在今秘鲁首都利马设置总督府，辖区包括巴拿马地峡及南美除委内瑞拉外的全部殖民地。1718年和1776年分设
新格兰纳达和拉普拉塔两个总督辖区后，只包括秘鲁、智利和基多（厄瓜多尔）。 1816年，拉普拉塔联合省（今阿根廷）宣告独立。1820年，联合省军队在其领袖圣马丁率领下，出征秘鲁，解放沿海地区。次年，在秘鲁人民配合下，攻入利马，秘鲁共和国成立。1824年，最后击败西班牙殖民者，玻利维亚共和国独立。1826年1月西班牙在美洲大陆最后一个据点卡亚俄港（在秘鲁）守军投降，西班牙在拉美殖民体系全部瓦解。