科隆选侯国（德语：Erzstift und Kurfürstentum Köln），是神圣罗马帝国的一个存在于10世纪到19世纪初的采邑主教领国，由科隆总主教统治。在13世纪科隆总主教被封为选帝侯前被称为科隆采邑总主教区，是最早的七个选侯国之一，它包含有天主教科隆教区以及其他教会领地。1288年时因为和试图使科隆成为自由城市的市民团体冲突，因此科隆总主教将首都从科隆搬到波恩。1794年被法国军队入侵，最后在1803年世俗化。直到1824年才重新成立天主教科隆总教区。

科隆在罗马帝国时期称作“克劳蒂亚·阿格里皮娜的殖民地”（Colonia Claudia Ara Agrippinensium），名称源自于小阿格里皮娜。自罗马时代就成立了教区，953年成为总教区，首任总主教布鲁诺一世是神圣罗马帝国首任皇帝-奥托一世的弟弟；同时科隆总主教也获得了世俗领土的治理权，成为一方采邑总主教，此为科隆采邑总主教区之伊始。其涵盖了总主教区的世俗领土，包含位于莱茵河西岸的一整个狭长地区，其西滨临于利西公国；在莱茵河的另一侧则有威斯特伐利亚公国、贝格和马克等领地。

13世纪，选帝侯制度诞生，并因1356年的金玺诏书而确立，共有四个世俗诸侯和三个教会诸侯担任此职，其中包含了科隆总主教，此外科隆总主教也获得意大利大书记官（Archchancellor）的头衔。尔后科隆采邑总主教区就被称为科隆选侯国（ErzstiftundKurfürstentumKöln）。

1288年瓦林根之战（BattleofWorringen）后科隆从选侯国中独立为帝国自由城市，因此科隆总主教被迫迁出科隆，改以波恩为选侯国首都。 自此科隆总主教只有科隆总教区的教会地位，而不再是科隆的政治领袖。不过选侯国依然保有科隆以外的领地。

在16世纪其间，有两个科隆总主教改宗新教，一个是赫尔曼·冯·威德，他改宗后就选择辞退总主教职位；另一个则是盖布哈尔德·冯·瓦尔德堡，然而盖布哈尔德于1582改宗加尔文派后，不打算放弃自己的领地，试图将科隆选侯国世俗化。这导致了科隆战争，教廷雇用了西班牙和意大利的佣兵，还有巴伐利亚也派出军队，以对抗为了保有新教选侯国的荷兰。1583年12月11月，科隆战争结束，新教的主教继承者放弃教区，并退休移居到斯特拉斯堡。这是一次成功的反宗教改革。最后由出自巴伐利亚公家族的恩斯特（德语：ErnstvonBayern）继任了科隆总主教之位。从此之后到18世纪中叶，科隆总主教一席经常由维特尔斯巴赫王朝的巴伐利亚系成员担任。由于这段期间的科隆总主教也通常身兼明斯特和列日的采邑主教，因此科隆总主教成为了德国西北的重要领袖之一。

1795年，选侯国在莱茵河左岸的领土被法国占领，并于1801年被正式割让。随着1803年的《帝国代表重要决议》（Reichsdeputationshauptschluss）而世俗化，采邑总主教区解散，西发里亚公国被分给黑森-达尔斯塔特侯国。1824年，科隆再度成立总教区，只是总主教再也不握有世俗政治权力，而是单纯的宗教领袖，主教座堂为知名的科隆大教堂。