原名“福建省基本建设工程预决算审核中心”, 1998年3月19日中共福建省委机构编制委员会办公室以闽编办[1998]22号文批准成立，规格相当于副处级。

核定事业编制12名，1999年4月28日正式挂牌成立；2004年5月11日中共福建省委机构编制委员会办公室以闽委编办[2004]101号文批准“福建省基本建设工程预决算审核中心”更名为“福建省财政投资评审中心”；2004年6月22日中共福建省委机构编制委员会办公室以闽委编办[2004]119号文批准中心规格为正处级；2005年1月5日中共福建省委机构编制委员会办公室以闽委编办[2005]5号文批准中心增加事业编制10名，全部用于配备专业技术人员，增编后，福建省财政投资评审中心事业编制共计22名；2005年11月1日福建省人事厅以闽人复[2005]173号文批准福建省财政投资评审中心列入依照公务员管理。

评审中心现有人员31名，其中专业技术人员20人（土建专业10人，水电专业6人，财务专业4人）。获高级职称的8人，中级职称的14人，且有10人同时获注册造价师资格，3人获评估师资格，2人获监理师资格。中心成立来，在福建省财政厅党组的正确领导下、在厅经建处的指导下、在厅内有关处室的支持配合下，在制度建设、队伍培养和评审业务开展等方面都取得了长足发展，在规范省级财政性投资项目的投资管理和资金管理方面做了大量工作，取得了较好的成效。成立来，评审中心共计完成省级以及中央评审项目评审金额426.0062亿元（其中：完成省级评审项目1036个，送审金额189.4772亿元，审定金额164.3410亿元，核减25.1362亿元，核减率13.27%），有效地节约了投资，提高了财政性投资项目的资金使用效益。

同时，评审中心每年还承担财政部安排的各项评审任务，完成中央核查项目金额236.5291亿元，评审质量得到财政部的充分肯定。作为福建省财政厅对外窗口之一，评审中心以“客观、公正、廉洁、高效”为原则，认真履行为财政基本建设投资把关的职责，制定“高素质、高效率、高质量”的发展目标，规范、完善中心审核工作程序，加快加大审核力度，不断加强效能建设，努力按照福建省政府综合时效要求开展评审工作，进一步改进工作作风，提高工作效率和服务水平。通过强化对基本建设资金使用的监督管理，特别是进一步加强对基建项目的概、预、决算实施财政审查监督管理，减少了建设资金的损失浪费，确保国家基本建设项目资金专款专用，提高了资金的使用效益，为项目的投资控制起到了至关重要的作用，增强了财政部门在投资体制改革中的参与权与发言权；充分发挥财政投资评审的专业技术作用，为财政支出预算管理服务，较好地履行财政监督职能，提高财政投资项目资金的使用效益，节省了财政资金。