建省药品检验所的前身是1936年9月在福建省卫生试验所内设立的化学课，兼管药品的检验工作。

1953年6月成立福建省卫生防疫站时，在化验科内设立药检室，负责我省药品、毒品和食品的检验工作。1956年9月，正式成立福建省卫生厅药品检验所。

1962年机构迁址至福州市安良里九号（通湖路330号），设置化学室、中药室、生测室与技术室等，业务工作独立对外。1979年3月独立机构建制，机构名称定为“福建省药品检验所（副处级单位）”，直属于福建省卫生厅。科室设置有：中药室、化学室、生测室、菌检室和业务室、办公室、药品标准办公室。

1984年1月，卫生部批准成立“中华人民共和国福建口岸药品检验所”，授权对福建口岸进口药品进行法定检验。1989年11月，经福建省标准计量局计量认证评审考核合格，获得《计量认证合格证书》。

1990年2月，经福建省编制委员会批准，机构升格为正处级单位。

1992年5月，经福建省编制委员会批准，成立“福建省药品质量研究所”，承担药品质量标准与药品检验新技术、新方法的研究工作。

1993年3月，经福建省编制委员会核定编制为106人。1995年11月，经福建省卫生厅批准建立“新药药理研究基地”。1998年4月通过卫生部组织的药品检验实验室认证。

2003年8月，经福建省质量技术监督局计量认证扩项评审合格，获一次性使用医疗器械四种产品的检验资格；

2004年11月，经福建省质量技术监督局计量认证扩项评审合格，获一次性使用医疗器械十八种产品的检验资格。

2005年2月取得国家食品药品监督管理局“关于认可福建省药品检验所对一次性使用无菌注射器等产品和项目的检测资格的通知”（国食药监械[2005]70号）；

2005年4月获得中国实验室国家认可委员会认可证书（No.L2069）。

福建省药品检验所是完全独立的第三方药品检验机构，行政上隶属于福建省药品监督管理局，经济上独立核算，是经登记注册的事业法人单位，能独立承担法律责任。

本所下设4个行政管理科室（办公室、人事教育科、财务科、设备科），3个业务管理科室（业务科、质量保证督查科、药品监督科），6个检验科室（中药室、化学室、抗生素室、医疗器械检测室、菌检室、药理室）和2个辅助检验科室（实验动物室、技术咨询部）。全所共有职工106人，其中高中级技术人员占专业技术人员总数的69%以上。本所现有仪器设备1000多台（套）总值达2500多万元，实验室面积6800平方米。可对中药材、中成药、化学药及生化药、抗生素、一次性使用医疗器械、进口药品等进行检验。