福建省社会科学界联合会，为了加强社联工作，更好指导、协调、组织学术社团的工作和活动，1984年7月，社联正式定为厅级机构，设立党组，省委宣传部副部长杨华基兼任党组书记，杨华基、方晓丘、林子东、吕良弼、潘伯庭、明祖凡、陆维特、傅家麟、黄寿祺为副主任，周立方为秘书长。党组成员由方晓丘、林子东组成。林子东主持工作。

1962年9月26日，福建省哲学社会科学学会联合会筹备委员会在福州成立。著名经济学家、厦门大学校长王亚南教授当选社联筹委会主任，卢叨、郑奇方、傅家麟、金树荣为副主任，郑奇方兼任秘书长。

1966年至1977年，因文化大革命，社联和学会均停止了活动。

1978年7月20日，经省委批准，省社联及其所属学会召开恢复活动大会，并选举产生了福建省社联第一届委员会，推选副省长张格心为主任，明祖凡、陆维特、傅家麟、黄寿祺为副主任，单曙光为秘书长。成立了办事机构社联办公室，副秘书长沈静主持日常工作。

1986年7月11日，省社联第二次代表大会召开，选举产生了第二届社联理事会，同时决定更名为福建省社会科学联合会，简称福建省社科联。省委常委、宣传部长何少川为社科联主席，杨华基、吕良弼、潘伯庭、吴宣恭、李洪林、陈征为副主席，周立方为秘书长，叶光辉为副秘书长。省委宣传部副部长杨华基兼任党组书记，吕良弼、潘伯庭、周立方为党组成员，吕良弼主持社科联日常工作。

1991年1月29日，省社科联第三次代表大会召开，选举产生了第三届理事会，省委常委、宣传部长何少川为主席，吕良弼、蒋夷牧、潘心雄、王洛林、陈一琴、郑学檬、高世煜、叶品樵、董承耕为副主席，潘心雄为秘书长。党组由吕良弼任党组书记，蒋夷牧、潘心雄为党组成员。1993年，潘心雄调离社科联，补选杨泗德为社科联副主席兼任秘书长。

1995年7月13日，省社科联第四次代表大会召开，选举产生了第四届理事会，省委常委、宣传部长赵学敏为主席，吕良弼，杨泗德、王碧秀、郑学檬、陈一琴、林述舜、严正、吴吕和、杨益生、陈孔德为副主席，周源清为秘书长。党组由吕良弼任党组书记，杨泗德、王碧秀、周源清为党组成员。本届代表大会还决定省社科联更名为福建省社会科学界联合会，仍简称福建省社科联。

1998年9月27日，省社科联召开四届六次理事扩大会，根据省委意见，对领导班子进行了调整（因赵学敏调任福州市市委书记，党组成员有2位超龄），选举省委宣传部副部长陈俊杰为省社科联主席，增选马照南为副主席，省委任命王碧秀为党组副书记并主持工作。2000年8月因党组成员、秘书长周源清退休，补选谢孝荣为秘书长。党组成员由王碧秀、马照南、谢孝荣组成。

2001年9月17日-18日，省社科联第五次代表大会召开，选举产生了第五届委员会。在省社科联五届一次全会上，选举省委宣传部副部长陈俊杰为主席，王碧秀、马照南、冯潮华、吕良弼、朱崇实、杨益生、李建平、严正、陈海基、林述舜、薛卫民为副主席，谢孝荣为秘书长。王碧秀任党组书记，马照南、冯潮华、谢孝荣为党组成员。

2005年12月，马照南同志调任省委宣传部副部长，不再担任省社科联党组成员。

2006年11月，陈必滔同志调任省社科联党组副书记、副主席。

2007年6月，省委任命陈必滔同志为省社科联党组书记，林兵武同志为省社科联党组成员。

2007年12月25日-26日，省社科联第六次代表大会召开，选举产生了第六届委员会。在省社科联六届一次全会上，选举省委常委、宣传部长唐国忠为主席，陈必滔、冯潮华、（以下为兼职，按姓氏笔画排序）王碧秀、邓本元、李建平、吴玉辉、吴世农、张志南、陈俊杰、陈笃彬、郑传芳、蔡德奇、潘征、鞠维强为副主席，谢孝荣为秘书长。

2009年5月20日，省社科联召开第六届委员会常务委员会议，同意增补谢孝荣同志为省社科联副主席，林兵武同志为秘书长。

2011年10月，陈必滔同志调任省广电局党组书记、局长，不再担任省社科联领导职务。省社科联工作由冯潮华同志主持。

2016年6月27日，福建省社科联七届三次全委会在福州召开。会议选举省委常委、宣传部长高翔担任省社科联第七届委员会主席。

2024年2月28日，福建省社会科学界联合会第八届委员会第三次全体会议在福州召开。增选林长远、宋建晓为省社科联第八届委员会副主席。

2018年5月28日，入选中共福建省委文明办“第十三届福建省文明单位”候选名单，并向社会公示，接受群众监督。

2022年6月，福建省社科联青年理论学习小组荣获2021年度“福建省直机关优秀青年理论学习小组”称号。