福建省亚热带植物研究所（Fujian Institute of Subtropical Botany）成立于1959年，隶属厦门市科学技术局，原为中国科学院华东亚热带植物研究所（04单位4111部）。

1959年，中国科学院华东亚热带植物研究所成立。

1971年，由于“四人帮”对科学事业的摧残破坏，研究所下放给省林业系统，改名为福建省经济植物研究所。

1979年后，改名福建省亚热带植物研究所，隶属福建省科委。

截至2013年7月，研究所共有在职职工83人，研究员4人，副研究员21人，助理研究员41人，博士8人，硕士24人。

植物学专家何景首任所长，著名园艺学专家、原福建农学院院长李来荣教授及著名植物生理学专家、原中国植物生理学会常务理事黄维南研究员和中国植物生理学会理事、园艺学专家苏明华研究员历任所长。

截至2013年7月，研究所设有植物化工产业技术、生物育种产业技术与园林园艺产业技术三个研发部。

管理运行厦门市重大科技服务平台“闽台（厦门）花卉高科技园”。在建厦门市重大科技平台项目“海西植物天然产物提取纯化中试基地”。筹建“药用植物生物技术育种研发平台”和“厦门市都市农业工程技术研究中心”。

研究所研发服务模块由分析测试实验中心及信息研究中心2个技术支撑平台组成。建设与运行福建省亚热带植物生理生化公共实验室、厦门市亚热带植物生理生化重点实验室和省级计量认定实验室。。

截至2013年7月，研究所设立分子生物学、细胞工程、组织培养、植物生理、生物化学、农业化学、病虫害防控、植物基因库8个专业实验室及1个实验测试中心。

研究所实验室面积3000平方米，配备大型仪器设备60台（套），包括原子吸收分光光度计、气质联仪、红外光谱分析仪、等离子发射光谱分析仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、紫外可见分光光度计、荧光分光光度计、薄层扫描仪、双向电泳仪、核酸蛋白检测仪、低温高速离心机、光合呼吸分析仪、梯度PCR、凝胶成像系统、分子杂交炉、系列荧光显微镜、冷冻干燥机、微波消解仪、智能人工气候箱、二氧化碳超临界萃取等。

研究所同时建有5000平方米数字化环境控制温室。收藏植物干标本3万份，园区收集活体植物近千种。图书馆建筑面积1200平方米，藏书3万多册，有中文期刊180多种，外文期刊14种，开设电子阅览室。

2004年，1人获福建省杰出科技贡献奖。。

截至2013年7月，研究所共取得各类科技成果80多项，获各级政府部门科技成果奖88项次，其中国家级科技成果奖7项次、省部级科技成果奖40项次、市级科技成果奖41项次。发表各类论文2000多篇，出版科技专著65部，申请专利技术18个，拥有3件有效专利。

截至2013年7月，研究所科技人员通过自主研发及合作研究取得一批重大科技成果，如“橡胶树在北纬18°－24°大面积种植物技术”获国家发明一等奖；“青藏高原隆起及其对自然环境与人类活动影响的综合研究”获国家自然科学一等奖；“中国高等植物图鉴及中国高等植物检索表”获国家自然科学一等奖；“豆科树木共生固氮生态生理及资源开发利用研究”获国家科技进步二等奖；“中国植被”获国家自然科学二等奖；“固定化细制备6-氨基青霉烷酸新工艺研究”获国家发明三等奖；“柑桔营养诊断及施肥技术研究”获农业部科技进步三等奖；“维生素C两步发酵新工艺研究”获全国科学大会成果奖、“耐盐碱保水剂的研制和在农林业上的综合应用”获福建省科技进步二等奖、“马来西亚番木瓜优良新品种引进及其栽培技术研究”获厦门科技进步二等奖等。

《亚热带植物科学》系福建省亚热带植物研究所主办的植物专业学术性期刊。1972年创刊，原名《三胶通讯》，1974年起更名为《亚热带植物通讯》，1983年起由内部发行转为公开发行，2000年起由半年刊改为季刊，2000年第4期起更名为《亚热带植物科学》。国内统一刊号CN 35-1243/S，国际标准刊号ISSN 1009-7791。

期刊先后被《乌利希国际期刊指南》、《中国生物学文摘》、《中文科技期刊数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国科技期刊引证报告（扩刊版）》、《中国核心期刊（遴选）数据库》及《中国科学引文数据库》等数据库收录，并在“中国期刊网”、“万方数据——数字化期刊群”等全文上网。

期刊先后获1992年和1996年福建省优秀科技期刊鼓励奖；2000年获首届《CAJ-CD规范》执行优秀奖；2004年被评为全国优秀农业期刊（二等奖）；2006年获全国优秀农业期刊金犁奖（学术类三等奖）。