公元1562年（嘉靖四十一年），倭寇进犯福建，并联合福宁、
连江等地的倭寇，先后攻陷
寿宁、
政和、
宁德等地，从广东南澳方面侵略的倭寇联合
福清、
长乐的倭寇攻陷玄钟所，并进犯龙岩、
松溪、大田、
古田、
莆田等地。
倭寇声势浩大，当地官军不敢进攻，于是
胡宗宪传令让戚继光带兵剿贼。戚继光领命后引兵先进攻
横屿，横屿四面水路险隘不易通行，戚继光命将士们每人手持一束稻草，填壕而进，大破横屿倭寇，斩首两千二百余级。而后，戚继光乘胜追击，杀至福清，捣毁牛田，端了倭寇巢穴。倭寇余党慌忙逃往
兴化，戚继光也不停歇，一路狂追，又捣毁倭寇据点六十余营，斩首无数。
戚继光平定福建倭患后班师回浙江，行至福清，遇见少量倭寇从东营澳登入，戚继光率兵急攻，斩首两百人。经过几番战斗，闽广一带的倭寇几乎被戚继光杀光。