福建中医药大学中西医结合学院前身为现代医学部，2005年3月更名为中西医结合系，2010年3月更名为中西医结合学院，现设10个教研室、6个系列实验室和1个实训室。
学院现有教职工104人，其中专任教师66人，教辅人员12人，教授11人，占专任教师16.67%；副教授38人，占专任教师57.57%。博士生导师4人，硕士生导师14人。1人次获“福建省教学名师”荣誉称号，1人次获“福建省优秀教师”荣誉称号，2人次获“福建省高校青年教学名师”荣誉称号。
学院拥有1个国家级特色专业（中西医临床医学专业）、1个国家中医药管理局重点学科（中西医结合基础）、1个国家中医药管理局三级科研实验室（病理生理学实验室）、1个省级“一流专业”、2个省级特色专业（医学影像学专业和中西医临床医学专业）、2个省级实验教学示范中心（中西医结合基础医学实验教学示范中心和影像技能实践教学中心）、1个省级人才培养模式创新实验区（中西医临床医学人才培养模式创新实验区）和1个省级本科高校专业综合改革试点（中西医临床医学专业综合改革试点）；《医学统计学》《生物化学》《病理学与病理生理学》《医用生物学》等4门被立项为省级精品（在线开放）课程。学院教师在研国家自然科学基金10余项，省厅级课题20余项。
2006年，学院与
台湾元培科技大学签署合作办学协议，两校之间强强联合，充分利用元培科技大学优越的办学条件，雄厚的师资和丰富的教学经验，创办了
医学影像学专业，填补了国内、省内关于医学影像学技术型人才培养和联合办学的空白。