神都遗迹（日语：シントいせき 英语：Sinjoh Ruins）是心魂版中出现的地点，不在任何已知的区域内。在阿露福遗迹可以通过阿尔宙斯和未知图腾打开神秘的入口来到这里。

根据神奥冠军竹兰和在同一间屋子里的登山客所叙述，神都遗迹是在数百年前由两群人类建造的神庙的残余，从神奥移居到城都的人，在与城都的人们交流之后，为了表达对故乡的思念之情，而建造了这座遗迹。因此，这里融合了两方的传说，既包含了枪柱的元素，也包含了阿露福遗迹的元素，成为了两种文化交汇的地方。

抵达神都遗迹的方法是携带一只从事件中或初始之间 收服的阿尔宙斯来到阿露福遗迹，并将其作为队伍中第一只宝可梦，遗迹挖掘队长就会跑出来然后要求主人公进入遗迹，并揭开它的秘密。

此时屏幕转黑，主人公和阿尔宙斯就会被传送到神都遗迹，在那里有一间小木屋，竹兰在那里等着主人公，然后告诉主人公她觉得三舞台（日文：みつぶたい，英文：Mystri Stage）会有事情发生。

为了进入遗迹，主人公只能携带阿尔宙斯，而要把其他宝可梦都存到电脑中。竹兰会带着主人公来到遗迹，并展示祭台。三舞台是为了供奉阿尔宙斯而建造的神圣的祭台，背景音乐也力图表现阿尔宙斯伟大的力量。主人公可以在帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳三者中选其一。选择之后，会出现一大群未知图腾围绕着阿尔宙斯，接下来阿尔宙斯会创造出一个蛋，蛋会立刻孵化，孵出来是主人公所选的传说中的宝可梦。

最后主人公会被传送回阿露福遗迹，挖掘队长说阿尔宙斯和未知图腾的关系仍旧是个未解的谜题。然后主人公可以携带来自初始之间的阿尔宙斯来到阿露福遗迹的遗迹里，就可以再次被传送回神都遗迹。此时竹兰已经离开了神都遗迹，而主人公可以前往三舞台，在剩下的两只当中再选一只。

神都遗迹的日文名和英文名都是融合了城都地方和神奥地方两个地方的名字。另外一个像这样起名的地方是都城瀑布。

另外这里的日文名字可能也来自于日本的神道。

这里的背景音乐融合了天冠山深处、破格的世界、与帝牙卢卡和帕路奇犽对战、与骑拉帝纳对战和天界之笛的片段。

神都遗迹位在地区地图之外，因此它并不是阿露福遗迹的一部分，也不属于城都或者关都。实际上它应该是属于神奥地区的天冠山山脉，在宝可梦装置上显示的位置是城都地区以北。

阿尔宙斯创造宝可梦的时候，会在背景上显示现实世界的照片，在历代所有的宝可梦游戏中这是第一次。

在这里选择骑拉帝纳是通过正式方式获得白金玉魂的途径，同时它也是起源形态的。

出于不知名的原因，神都遗迹和三舞台的字样在游戏中被红色高亮了。空木博士看到刺刺耳皮丘提到“时间旅行”的时候也发生了类似的事情，可能是为了强调这事件的重点所以才会用红字标明起来，在白金版也有这种事情发生。

和天冠山一样，在这里不能使用飞翔离开神都遗迹，只有一个带着凯西的老者将主人公传送回家。

如果主人公在与竹兰对话之前就选择被传送，那么他会被传送回阿露福遗迹。所有的事件会重新发生（包括登山客迎接主人公的部分）。