少女“小美”在大宅里寂寞生活。某个夜晚，以重新排列了失踪的父亲“秀力”留下的奇怪的文字卡牌为契机，谜之宝可梦“未知图腾”出现了。而后，绿色草原眼看就要被结晶给覆盖。出现于被突然的结晶化给吓了一跳的小智一行人面前的，是传说的宝可梦“炎帝”，它居然把小智的妈妈带到了结晶塔。小美将炎帝称为父亲，但秀力又不知是否变成了炎帝。小智将尝试把妈妈与绿色草原的和平夺回。
继在《宝可梦》系列电影中讲述了“自我存在”“共存”后，编剧首藤刚志曾经打算在该片讲述“自己存在的世界到底是什么”这一主题，他计划在该片中让其他生物在只有宝可梦与人类的世界中登场。
在首藤的剧本中，故事以发现霸王龙的话说为开端，而小智以及火箭队都将阻止从化石中复活的霸王龙的暴走。由于是花费了半年时间写出的剧本，所以首藤准备好了被反驳时的理由参加了剧本会议，但他最后还是在会议上因预料之外的原因被全体上司给驳回。当时首藤认为他的上司会用“你的剧本会破坏‘宝可梦’的世界”“不要在‘宝可梦’中拿出莫名其妙的多余玩意”“你剧本的主题有问题”这类理由来反对自己，但上司实际给他的答复是“‘明明是无机物，但却因被寄宿了意识而开始行动’这种剧情不会红”。此外，在剧本会议上，与会人员曾提出了“再次让超梦登场”“让喷火龙这种有人气的宝可梦出场”这类的意见。
在剧本被驳回后，首藤在喝烧酒时想到了曾在电影《
宝可梦：超梦的逆袭》的前传广播剧中登场的角色“小爱”，这个角色的日文名“アイ”来源于英语中的第一人称“I”，不过首藤最初是将她称为“ミー（即英文中的‘Me’）”，而这个最初的名字也与他的女儿三穗的简称相同。由于认为自己在年老时不能为成年的女儿做任何事或女儿可能也不想从自己那里得到任何东西，首藤因此决定把该片作为他送给女儿的小礼物，他将女儿的名字简称给予了在该片中担任主角的女孩“小美（她的日文名也是‘ミー’）”。
相较于前作《
宝可梦：梦幻的宝可梦·洛奇亚爆诞》，该片情节构思新颖且表现得与众不同。显然，对于覆盖范围更大的观众人群，制作团队做出了比以往更好的应对，导演汤山邦彦虽没有做出更大突破，但他在小方面的进步仍令人满意。小智的新冒险包括了冰之水晶与飞翔的双螺旋外星符号未知图腾，这使得该片的跨度令人耳目一新。小智一行人在宅邸内遭遇成人后的小美并同她发生战斗的这部分剧情能让令人疲乏的节奏得以暂缓，而这种构思带来的剧情的暂时停滞也使得该片更加浑然一体，喷火龙的突然登场以及与之紧密相关的空中对战又将影片推向了高潮。
然而令人遗憾的，是该片的制作团队走入了死胡同，这具体表现在《宝可梦》系列对不同宝可梦和冒险的探索在片中达到了一个令人不可理喻的高度，难以理解的未知图腾完全没有先前宝可梦们拥有的任何生物特征、冰晶场地与仙人掌般的中心场景的设定尽管模仿了葛饰北斋的画风但却未能够营造出紧张的氛围。在电视动画《宝可梦》中长期离队的喷火龙突然决定同小智一道对抗小美这一随意而突兀的登场暴露出了制作团队在创作方面身陷窘境的缺点。在圆满结局里，小美和父母团聚的美好情感也因被塞在拥挤不堪的片尾演职员表中穿插放映这一错误决定而被白白浪费。在制作时，该片也并没有呈现出足够优秀的的电影画面来弥补未完全展开的故事情节。此外，该片的配音与片中角色的嘴部动作的一致性也有待加强。（《综艺》评）