父亲庆宗一代灭亡后再兴了神保宗家，构筑了越中统一的势力，席卷越中全境。天文12年（1543），在经历了长期的雌伏之后举兵渡过神通川筑
富山城，攻击臣服于长尾氏的领有新川郡的椎名长常，引起越中大乱。以胜利收场后获得了常愿寺川、白岩川以西全境的领土，之后包围斋藤氏的城生城一年有余，扩大了领土，诸豪族都来臣从。打造了神保家最大的版图。但于永禄3年（1560）3月受到椎名康胤请来的
上杉谦信军的攻击败北。之后与
武田信玄连接继续抵抗上杉势，于永禄5年第二次败于谦信，在能登
畠山氏的仲介下降伏。之后没落的长治与神保家在上杉、武田、一向宗之间反复，国人众也逐渐离反。之后家中出现分裂，将长子长住追放，将家督让给次子长城后出家入道，改名宗昌，元龟三年初病没。