在北京小学五年级甲班，只有调皮捣蛋、不好好学习的江林和骄傲、不合群、不关心别人的杨永丽还没有戴上红领巾。受志愿军叔叔和班主任冯老师的希望和教导，全班学生开始热心帮助江林和杨永丽。他们找江林来做氧气试验，先引起他学习的兴趣，再慢慢帮助他培养学习习惯。当杨永丽烫伤脚不能来上课的时候，他们帮助她补功课，使她能和大家一起参加考试。同学们真诚的帮助感动了江林和杨永丽，江林和杨永丽开始转变了，暑假里他们互相帮助共同进步。暑假很快过去了，五甲班全体同学升入六年级，江林和杨永丽终于被接受入队了。
当时电影厂成立了儿童片摄制组。导演
严恭、副导演
苏里和摄制组的全体成员都准备就绪了，于是就商量着筹拍第一部校园题材影片，大伙儿各抒己见。确定了剧本和拍摄地点后，摄制组分成几个小组，全都跑到北京市的小学里选拔小演员。挑选小演员的条件要求十分苛刻，因为要代表中国儿童的形象，不但形象要好，学习成绩也要优异。摄制组的同志们几乎跑遍了北京市的所有小学，精挑细选出了几十个孩子。
小演员的人选确定后，影片紧锣密鼓地拍摄了。除了在室内取景外，摄制组还跑到北京的中山公园、北海公园拍摄画面。但就在
北海公园的一次拍摄过程中，一个小女孩突然从船上掉进水里，幸亏工作人员反应迅速，及时把她救了上来。因为这事儿，落水女孩的父母不让孩子参加影片的拍摄了。摄制组的同志们好说歹说，做孩子家长工作，他们才好不容易同意。
中国的电影事业在新中国成立后面临着举步维艰的局面。设备陈旧落后、人员素质参差不齐、资金又十分匮乏。拍摄《祖国的花朵》时，摄制组要求，一个镜头最多只能拍3至4个画面。多拍不行，因为当时的胶片都是用外汇买来的，胶片对于摄制组来说弥足珍贵，浪费不得。
作为新中国早期的儿童电影，《祖国的花朵》具有相当意义上的代表性。其代表性还在于它已经显现出颇具时代性的一些思维模式，包括故事情节和人物的设置。以至于在此后相当长的时期内，一些儿童片和儿童小说中依然延续着这种模式。影片树立的“好孩子帮助有缺点的孩子”、“先进生帮助后进生”的“转变型”的创作思路，成为后来许多少年儿童电影效仿的榜样。（《
温州日报》评）
影片以志愿军杨志平为小学生讲述抗美援朝的英雄故事、鼓励孩子们努力报效祖国作为开头结尾，意在突出政治教化、英雄楷模对孩子们的影响作用。但综观整个影片，杨永丽、江林由后进变先进的转变并非政治教化的感召，而是在两个落后学生的家庭生活、学习遇到重大阻碍时，伙伴们的热心帮助让他们渡过难关，孩子们相互善意地扶持、影响才是落后学生转变的根本动因。对自古传承下来的朴实善意的民间互助观的演绎，令影片呈现出世俗生活的温情。（《
电影文学》评）