碱基顺序，是指在
DNA分子结构中，由于
碱基之间的
氢键具有固定的数目和DNA两条链之间的距离保持不变，使得碱基配对必须遵循一定的规律，这就是A（腺嘌呤）一定与T（
胸腺嘧啶）配对，G（鸟嘌呤）一定与C（
胞嘧啶）配对，反之亦然。
该机构说，一个由产官学各方组成的科研联合体已经测定了曲霉菌大约95%的碱基排列顺序。曲霉菌有8条染色体，大约3700万个碱基对，是日本迄今为止进行碱基测序的最大的微生物。
一个科研机构之前已经确定了曲霉菌的5000个基因。这次，日本制品评估技术基础机构又发现了6000个以上的新基因，其中最多的是分解碳水化合物、核酸和脂质的加水分解酶基因，此外还有大约1700个
膜蛋白质基因、380个复制基因以及约70个与分泌有关的基因等。