每个碱基对平行伸展并且与上面的和下面的碱基对非常靠近，这一现象叫做碱基堆积。

碱基堆积力是指在DNA双螺旋结构中，碱基对平面垂直于中心轴，层叠于双螺旋的内侧，相邻疏水性碱基在旋进中彼此堆积在一起并相互吸引而形成的作用力。维持DNA双螺旋结构稳定的力主要是碱基堆积力。

DNA双螺旋结构是很稳定的。主要有三种作用力使DNA双螺旋结构维持稳定。

第一种作用力是互补碱基的氢键;

第二种作用力是DNA分子中层层堆积，形成碱基堆积力，在DNA内部形成一个疏水核心。即疏水核心内几乎没有游离的水分子，有利于互补碱基间形成氢键。

第三种是磷酸基负电荷，与介质中阳离子形成离子键，对DNA双螺旋结构也有一定的稳定作用。

但氢键并不是DNA双螺旋结构稳定的主要作用力，因为氢键的能量很小。DNA分子中碱基的堆积可以使碱基缔合，这种力称为碱基堆积力，是稳定DNA双螺旋结构的主要作用力。

DNA双螺旋结构十分稳定。碱基堆积力是主要的稳定因素，因为各个碱基堆积在一起，产生碱基间的范德华引力，使得两条脱氧多核苷酸链成螺旋开稳定结构，碱基堆积力是由于芳香族碱基的π电子之间相互作用而引起的DNA分子中碱基层层堆积，在DNA分子内部形成了一个疏水核心，核心内几乎没有游离水分子，所以使互补的碱基之间形成氢键。