常熟市碧溪中学始创于1960年9月，校址在当时碧溪市河南边。初创时期办学条件极差，仅有9间教室及数间简易生活用房，教学设施十分简陋。

首届初中招收两班一年级新生112名，有教职员工7名(其中教师6名，临时工友1名)，为常熟县碧溪初级中学。

1984年春，随着义务教育法的贯彻实施，镇政府高瞻远瞩研究决定：在碧溪镇南、碧周公路东侧，规划一大块地为新校区。于是，先建一幢二层宿舍楼600多平方米。1985年，1007平方米的实验楼落成。1988年又建造面积为1575平方米的三层教学幢一幢(即今1号楼)。1991年2月，又建一幢四层教学楼2894平方米(即今2号楼)；同年12月新建食堂750平方米，门卫80平方米，1993年，全市中学首块400米跑道的标准田径场交付使用，是时新校区共有建筑面积8124平方米，学生全部迁入新校区。

1994年，学校与苏州大学成人教育学院联合办学，开设碧溪中学大专办班点，1994年秋，又与江苏省人口学校及常熟市中等专业学校、常熟市机械职工中专学校联合开设了中专班，教学用房又嫌不足。于是，在1995年新建一幢中专职教楼2514平方米，1997、1998两年相继建造学生宿舍楼两幢共1944平方米，1998年又增建图书、阅览、办公综合楼1520余平方米，还陆续装备了3只微机教室、语音教室、阶梯教室、多媒体教室和电子电工实验教室。至此，学校在新校址共建造校舍面积计14300余平方米，占地近80亩，各项设施基本配套，环境绿化相应跟上，整个校园呈现一派雄伟壮观，花木葱茏的崭新景象。