硅胶柱层析是一种生化分离方法，其分离原理基于物质在硅胶上的吸附力不同。 一般情况下，极性较大的物质容易被硅胶吸附，而极性较弱的物质则不易被吸附。整个层析过程包括吸附、解吸、再吸附、再解吸的循环。
1.称量。200-300目硅胶，称30-70倍于上样量；如果极难分，也可以用100倍量的
硅胶H。干硅胶的
视密度在0.4左右，所以要称40g硅胶，用
烧杯量100ml也可以。
2.搅成
匀浆。加入干硅胶体积一倍的溶剂用
玻璃棒充分搅拌。如果洗脱剂是石油醚/
乙酸乙酯/
丙酮体系，就用石油醚拌；如果洗脱剂是氯仿/醇体系，就用氯仿拌。
如果不能搅成匀浆，说明溶剂中
含水量太大，尤其是
乙酸乙酯/丙酮，如果不与水配伍走
分配色谱的话，必须预先用无水
硫酸钠久置干燥。氯仿用无水
氯化钙干燥，以除去1%的醇。如果样品对酸敏感，不能用氯仿体系
过柱。
3.装柱。将柱底用棉花塞紧，不必用海沙，加入约1/3体积石油醚（氯仿），装上蓄液球，打开柱下活塞，将匀浆一次倾入蓄液球内。随着沉降，会有一些硅胶沾在蓄液球内，用石油醚（氯仿）将其冲入柱中。
4.压实。沉降完成后，加入更多的石油醚，用双联球或气泵加压，直至流速恒定。柱床约被压缩至9/10体积。无论走常压柱或加压柱，都应进行这一步，可使
分离度提高很多，且可以避免
过柱时由于柱床萎缩产生开裂。
5.上样。干法湿法都可以。海沙是没必要的。上样后，加入一些洗脱剂，再将一团
脱脂棉塞至接近
硅胶表面。然后就可以放心地加入大量洗脱剂，而不会冲坏硅胶表面。
6.
过柱和收集。
柱层析实际上是在扩散和分离之间的权衡。太低的洗脱强度并不好，推荐用
梯度洗脱。收集的例子：10mg上样量，1g
硅胶H，0.5ml收一
馏分；1-2g上样量，50g硅胶（200-300目），20-50ml收一馏分。
7.检测。要更多地使用专用喷显剂，如果仅用
紫外灯，会损失较多产品，紫外的灵敏度一般比喷显剂低1-2个
数量级。
8.送谱。收集的产品旋干，在送谱前通常需要
重结晶。如果样品太少或为液体，可过一小凝胶柱，作为送谱前的最后纯化手段。可除去氢谱1.5ppm左右所谓的“硅胶”峰。