他以例贡生候选
光禄寺署正，加五品衔。承其家学，笃志于藏书，继承先祖遗书后，更旁搜博采，所藏宋元秘籍，多人间罕见之本。继承父亲遗志，延聘太仓著名学者季锡畴、邑人王振声等，继续编撰、校雠《铁琴铜剑楼书目》。太平军起兵后，和清军对峙，常熟动荡不安，他和瞿秉渊二人唯恐藏书受损，乃携书迁徙，太平军攻克南京，直取苏州，藏书楼朝不保夕。他为了保存珍贵古籍，费尽心血，把藏书分散转到村北、村西桑坝及香塘角等处；经部一类则寄存在较远的周径口张家，王振声就在那里进行《书目》复校工作。之后，又精选藏书千余种，运到东江沿海一带：寄予归市董姓，再寄于张市秦姓、桂村徐姓，而后又寄于鹿河（今属太仓）唐家宅。在那里与季锡畴继续进行《书目》的校勘工作。同治二年（1863）春，再将宋、金、元刻本、秘抄、精校善本1 000余种，渡江而北，藏于海门大虹镇。四年多时间里，将藏书迁徙数处，艰辛备尝，所携千余种藏书竟很少丢损。乱后安然归来之时，请江阴画家吴灌英为之绘有《虹月归来图》，以志纪念，叶昌炽、翁同龢、张瑛等名家为之作记、题跋。兄
瞿秉渊，字镜之。藏书印有“瞿秉清印”、“瞿秉渊印”、“恬裕斋镜之氏珍藏”等。