眼高差为测者地平方向与水天线方向之间的夹角。眼高差是由于测者具有一定的眼高，且用水天线视方向代替测者真地平观测天体高度所产生的。眼高差不仅随眼高的变化而变化，也随海区和季节而变。眼高差的修正可以通过相应公式计算得到修正值或查找眼高差表得到修正值。
简介
如图1所示，设测者在E点观测天体S的高度，测者眼睛距海平面的高度为，即测者眼高为，测者的地平方向为。
由于眼高的存在，测者所见的水天线在地平方向的下面，如果没有地面气层折光的影响，水天线即为图1中的切线。但由于折光的影响，光线从处经折射沿曲线射向测者，使测者从能看见的水天线为切线。
眼高差为测者地平方向与水天线方向之间的夹角，即图1中的角。
性质
1）眼高越高，眼高差越大；反之，眼高越小，眼高差也越小。
2）眼高差随海区和季节而变。
在水文气象比较稳定的公海大洋中，实际眼高差与常用公式计算出的眼高差相差不大；在内海、沿海和岛礁区内，眼高差常有较大的变化，特别是当气温与水温相差较大时，眼高差的变化尤为显著。
当冷空气流经暖海面是，水温高于气温，毗邻海面的下层空气温度上升，使大气密度垂直递减率比平均大气状况下的减小，导致地面折光差减小，而眼高差增大；反之，当暖空气流经冷海面，眼高差将减小。
眼高差修正
如简介中的图1所示，角为天体地平高度，用六分仪测得的高度为天体与水天线的夹角，由于眼高的存在，测者所见水天线方向总在地平方向之下，即天体观测高度总比天体地平高度多出一个眼高差。
为了求得天体地平高度，就必须从观测高度中减去眼高差（所以眼高差的符号恒为负），即需要进行眼高差修正。
眼高差的大小可以通过如下公式得到：
其中，眼高的单位为m，眼高差的单位为角分。
眼高差的修正可以通过上述公式计算得到修正值或查找眼高差表得到修正值。