真菌毒素是真菌在食品或饲料里生长所产生的代谢产物，对人类和动物都有害。真菌毒素造成中毒的最早记载是11世纪欧洲的麦角中毒，这种中毒的临床症状曾在中世纪的圣像画中描述过。
当时已经知道，吃了用发霉的粮食做的面包会生病。这一广泛流行的中毒现象，在欧洲先被称为“灵火”，后来又称为圣安东尼之火。造成较大社会影响的真菌毒素中毒事件有1913年俄罗斯东西伯利亚的
食物中毒造成的白细胞缺乏病，1952年美国佐治亚州发生的动物急性致死性肝炎和1960年英国发生的火鸡X病。我国50年代发生的马和牛的霉玉米中毒和
甘薯黑斑病中毒、长江流域的赤霉病中毒、华南的霉甘蔗中毒等。真菌及其毒素与癌症的发生有密切的关系。癌症的高发地区与食物中带染真菌和存在真菌毒素有关。
常见的真菌毒素为
黄曲霉毒素。1960年英国引起10万多只火鸡死亡的“火鸡X病”就是饲料中的黄曲霉毒素引起的。主要症状为
食欲减退，羽翼下垂，染病后昏睡死亡，死时头脚向后伸。解剖可见肝出血、坏死，肾肿大。
黄变米，即失去原有的颜色而表面呈黄色的大米，主要由黄绿青霉、岛青霉、橘青霉等霉菌的侵染造成。黄绿青霉可产生
神经毒素，急性中毒表现为神经麻痹、
呼吸麻痹、抽搐，慢性中毒表现为
溶血性贫血。岛青毒产生的
黄天精和环氯素引起肝内出血、肝坏死和肝癌。橘青霉产生的
橘青霉素毒害肾脏。有一些出血综合症也是由真菌毒素引起。如拟分枝镰刀菌和梨孢镰刀菌产生的T2毒素，其急性症状为全身痉挛，
心力衰竭死亡；亚急性或慢性中毒常表现为胃炎，恶心，口腔、鼻腔、咽部、消化道出血，白细胞极度减少，淋巴细胞异常增大，血凝时间延长等。葡萄状穗霉菌产生的毒素引起皮肤类和白血病症状，初期症状是流涎，鄂下淋巴肿大，眼、口腔粘膜、口唇充血，继而粘膜龟裂。开始白细胞增多，继之血小板白细胞减少，血凝时间长，许多组织呈坏死性病变，造成死亡。
粮食饲料在收获时未被充分干燥或贮运过程中温度或湿度过高，就会使带染在粮食饲料上的真菌迅速生长。几乎所有在粮食仓库中生长的真菌（仓贮真菌）都侵染种胚造成谷物萌发率下降，同时产生毒素。谷物的含水量是真菌生长和产毒的重要因素。一般把粮食贮存在相对湿度低于70%的条件下，谷物的含水量在15%以下就可控制霉菌的生长。
大部分真菌在20-28℃都能生长，在10℃以下或30℃以上，真菌生长显著减弱，在0℃几乎不能生长。一般控制温度可以减少真菌毒素的产生。但是有些镰刀菌能在7℃时在过冬的谷物上产毒。
黄曲霉最低生长温度为6-8℃，最高生长温度达44-46℃，在32℃时
黄曲霉毒素B1的产量最高。有趣的是微生物学家已经找到一种能产生黄曲霉毒素抑制剂的微生物，该抑制剂的应用大大减少了黄曲霉毒素的污染。
真菌为喜好氧气的微生物，在厌氧条件下几乎不能生长。谷物贮存使用的抽真空或充氮气等方法都是有效的措施。由于这些方法昂贵并不适合于农民使用。如果谷物贮存时及时通风也能防止霉菌的生长和产毒。因为通风可以带走谷物中的水分并降低温度。干燥、低温、厌氧是防止霉变的主要措施。其中以保持干燥最为重要。