真菌发酵是真菌氧化方式：在没有外源最终电子受体的条件下，真菌生物细胞对能源有机化合物的氧化与内源的（已经经过该细胞代谢的）有机化合物的还原相耦合，一般并不发生经包含细胞色素等的电子传递链上的电子传递和电子传递磷酸化，而是通过底物（激酶的底物）水平磷酸化来获得代谢能ATP；能源有机化合物释放的电子的一级电子载体NAD，以NADH的形式直接将电子交给内源的有机电子受体而再生成NAD，同时将后者还原成发酵产物（不完全氧化的产物）。

液体发酵技术是在抗生素工业发展起来后才运用到药用真菌发酵中的。其优点是可以进行工业化连续生产、规模大、产量高、发酵周期短、生产效益高。药用真菌在液体发酵过程中，除菌丝或孢子会大量增殖外，还会在发酵液中产生多糖、多肽、生物碱、萜类化合物、甾醇、酶、核酸、氨基酸、维生素、植物激素及具有抗生素作用的各种化合物等多种具有生理活性的物质。这些物质分别对心血管、肝脏、神经系统、肾脏、性器官等人体器官具有防病治病的作用，并有抗癌、抗炎、抗菌、抗衰老、抗溃疡等功效。人们对药用真菌的液体发酵，除获得菌丝体外，还以获取上述具有活性的次生代谢产物为目的。现在许多研究表明有很多药用真菌液体发酵的菌丝体多糖含量远高于人工栽培的药用真菌。在液体发酵蜜环菌菌丝体的报道中所提取的粗多糖约为人工栽培的10倍。对灵芝发酵的研究也有类似的报道。药用真菌发酵技术应用越来越广泛。改进发酵过程中的条件，促进发酵过程朝向提高目的产物的方向进行，提高产物品质，降低发酵成本，使投入产出比达到最小，是液体发酵研究的一个方向。在该领域内，从事液体发酵的研究人员还在试用不同的方法来实现这一目标。

以金针菇、香菇、猴头菌、姬菇和灵芝等几种食用菌进行液体发酵生产真菌发酵饮料，对这几种菌的发酵培养基、发酵时间、饮料配方等进行了研究，通过试验研究我们确定了它们的最适发酵培养基分别是：黄豆发酵培养基、可溶性淀粉培养基、葡萄糖发酵培养基、糯米粉发酵培养基。发酵时间为：金针菇和姬菇为72h，灵芝为96h，香菇和猴头菌为120h。以70%的发酵原液添加适量的蔗糖和柠檬酸进行调配，75℃杀菌30min，生产出几种风味不同的真菌发酵饮料。