真实遗传的性状是由基因和环境共同控制、影响的，在环境相对稳定的前提下，生物性状的决定基因必须是
纯合的才能够稳定遗传。
换句话说，真实遗传产生与双亲表现型相同的子代的现象。通常就所研究的性状而言，双亲均为表现型相同的纯合子，于是双亲的性状在后代就能稳定遗传，即子代中不出现
性状分离现象。例如孟德尔做
自花授粉植物豌豆花色的杂交试验时，选用开白花豌豆品系，其开白花性状能累代稳定遗传，开红花的纯种豌豆品系也能累代稳定遗传。这是因为开红花的纯种品系与开白花品系的基因型分别为CC与cc，均为纯合子。对于小麦、水稻等自花授粉作物，某植株一旦表现出隐性性状，就能真实遗传，这是因为该植株的基因型必定为隐性基因的纯合子。
真实遗传由于存在基因突变、送检检材降解、污染以及所用试剂的条件差异，可能引起的亲代和子代的某个位点不符合
孟德尔遗传定律。这种情况下不能简单的将其判断为不具有，而应多方面去分析其产生的原因，通过分子遗传学分析，在亲权鉴定中，3个以上STR基因座不符合遗传规律时，可排除亲子关系；当1或2个STR基因座不符合遗传规律时，增加检测手段，仍未发现新的不符合遗传规律的遗传标记，且RCP值大于99.99%的，可以肯定亲子关系。
根据孟德尔遗传的分离和
自由组合定律，亲代基因型决定子代基因型，他们之间基因型关系如表1所示。在没有基因突变、分型错误的前提下：①孩子的一对等位基因必定是一个来自父亲，一个来自母亲；②孩子不可能带有双亲均没有的等位基因。这两点是亲权鉴定的基本原理。也就是说，在肯定孩子的某个等位基因为生父基因，而假设父并不带此等位基因时，不能排除他为孩子的生父。对于父系遗传的
Y染色体，子代的分型必定与父亲的相同，而且同一父系的所有个体的分型一致；对于母系遗传的
线粒体DNA，子代的分型必定与母亲的相同，而且同一母系的所有个体的分型一致。仅根据上述遗传定律假设父与孩子之间在一个遗传标记上不符合遗传规律就可以排除其父子关系，但由于突变等多种原因的存在，一个基因座不符合遗传规律，可能是由突变等原因造成的，而且有文献已报道在真实的家系中存在两个遗传标记的突变，因此一个遗传标记的不符不能否定其亲缘关系。
在DNA合成过程中，如果形成了一个不配对的碱基对（比如A-C）则引起碱基替换，从而引起DNA复制中的错误。DNA中的每种碱基可有几种形式，称为互变异构体，这些异构体中原子的位置之间的键有所不同。例如一般的腺嘌呤的氨基形成可以转变成稀有的亚氨基形成。氨基态的腺嘌呤只和
胸腺嘧啶配对，但变成亚氨基大放异彩事，在复制时可以和胞嘧啶配对，形成A-C。再复制形成的子代
DNA分子中就可由G-C替换了原来的A-T。这种互变异构可以在DNA复制中自发发生。其具体包括转换、颠换、移码突变以及缺失和重复。